随着分子生物学技术的进步，人们发现在五界分类系统中，原核界的细菌在形态上儘管很相似，但根据分子水平上的差异可明显分成两大类：古细菌和真细菌。例如，在古细菌，存在TATA键合蛋白盒子(ATTA box-bindingprotein)，这也是真核生物中RNA多聚酶Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ的基本转录因子，但在真细菌中却没有这种转录因子。又如，在核糖体RNA(rRNA)的同源性上，在细胞壁和细胞膜的成分上，以及在转移RNA(tRNA)稀有硷基的差别上，古细菌和真细菌都有明显不同；这个不同甚至要超过它们各自与真核生物的不同。所以，沃斯(C·R·Woese)认为，应把原核生物界分类两界：古细菌界和真细菌界。古细菌界的细菌主要生活在一些极端环境中，如沼泽地底层(甲烷细菌)、热泉(如布氏火盘菌，最适生长温度达105 ℃)等。真细菌界的细菌为常见类型，有共生的，如遗传研究的重要细菌大肠桿菌；有寄生和致病的，如沙门氏菌和葡萄球菌。真细菌界还包括蓝绿藻。

生物进化

关于六界间的生物在进化上的关係，沃斯根据它们在分子水平上的差异认为，所有生物有3种最基本的类型：古细菌、真细菌和最简单的真核生物。由于它们彼此间在分子水平上的差异大小近于相等，所以它们可能或多或少直接起源于地球上的原始生命，即原始生命在自然选择过程中，或迟或早地出现了这3种类型的独立进化途径。

开始，可能古细菌在地球上占优势，因为它们的代谢很好地适应了原始地球条件(富有二氧化碳，缺氧、高温)。往后，当氧成为大气的主要成分和地球温度逐渐变冷时，适合于需氧和较低温度的真细菌又可能占优势。关于真核细胞的起源一直是个谜。根据分析，真核生物叶绿体的RNA和蓝绿藻的RNA极为相似，而有些真核细胞的基因又与古细菌的极为相似，所以最简单的真核生物可能有複杂的起源，即原始生命、古细菌和真细菌都可能参与了这一过程，再后，最简单的真核生物，在长期的自然选择过程中又进化成四界：原生生物界、植物界、真菌界和动物界。而那三大种如今总称为原核生物。总结为三大总界与六个分界。

病毒是结构上极为简单的非细胞生物。病毒是生物，是因它具有生命的某些特徵，如藉助于宿主细胞可以进行DNA分裂就是繁殖，以产生更多的病毒。但其简单的结构，到底是原始地球上的最初生命形式，还是原核界生物退化的产物，现尚无定论，从而也还不能确定其分类地位。因为其本身就是一个DNA载体的类型，所以额外归类