乾隆皇帝命九门提督追寻“红花会”名册。雷老虎设下擂台为女儿比武招婿，方世玉得胜入赘因方父为红花会会员，官府捉拿，方逃至雷老虎家暂避，与官兵大战一场，后为陈家洛所救。 乾隆皇帝梦见自己被反清复明组织"红花会"的总陀主陈家洛行刺，醒来后，命爱将九门提督鄂追查，名册早已被运走。雷老虎原是山东响马，暴发后，南下发展，做了一方权贵，出钱举办第一届广东全运会。雷老虎的女儿婷婷也来凑热闹。小流氓星爷见了婷婷，垂涎欲滴，动手动脚。千钧一髮之际，方世玉和伙伴大宝、小星为婷婷解围，被捕快统统带回衙门。

广东百姓对雷老虎的恶行日渐厌恶习，知府老爷也劝雷要收敛，可雷目中无人，贿赂官府，并以女儿为本钱，实行招亲比武。而此时的婷婷心里早已钟情方世玉，不顾父亲反对，偷偷出走。雷只得用丫环春梅代替。方世玉闻讯，立即赶往擂台。擂台上，雷的老婆李少环已击退众大汉，方世玉最后应擂而上，打算一显身手，即将取胜时，意外发现蒙着关头巾的婷婷是个丑女，顿时认输而去。方母苗翠花听到儿子擂台败阵，为挽回声誉，女扮男装，改名方大玉前往教训李少环。岂料擂台上的李少环方大玉的俊俏所迷，未打先输。雷即命方大玉翌日迎娶婷婷。

苗回家让方世玉逃走，不想雷怕事情有变，将方世玉抢进府内，与被子捉回的婷婷成婚。但由于文艺界玉认为婷婷是丑女，最终与婷婷不欢而散。在后花园，李小环向方世玉说出自己已经暗暗喜欢上方大玉，方世玉啼笑皆非，又不忍破坏李的好梦。三朝过后，苗借词要方世玉回门见父亲方德一面，却发现方德原来是红花义士。方德正欲把名册交给同僚时，九门提督突然杀出，方世玉力救父亲，方家三人到雷家避难，方世玉终于见到婷婷。翌日，九门提督突然出现在方、婷婷、功和雷逃往康西渡口。李小环因伤重垂危，苗再次乔装安慰李，李终于死而瞑目。方德被送上断头台，方世玉及时赶到，以一敌万。最后，众人合力除掉九门提督。方世玉和婷婷也跟随红花会义士去闯蕩江湖。

《功夫皇帝方世玉》这部片子拍得很坎坷。李连杰那时已经变成会下金蛋的母鸡，製作公司争着抢，而李连杰希望给自己下金蛋。打算拍《方世玉》的时候很多人不看好，觉得黄飞鸿的形象已经深入人心，做这样一次类型相近的转型成功率为零。李连杰当时运动员的脾气犯了，就做给那些人看，结果那部片子的票房和卖得最好的《黄飞鸿之男儿当自强》差不多。

《方世玉》是李连杰主演的一部传奇人物故事片。影片以青春风格重新给方世玉定位，李连杰一如《黄飞鸿》中的潇洒，加上萧芳芳扮演的苗翠花非常抢镜的演出，且大决斗时方世玉与九门提督在染坊的那段长短棍恶斗可以媲美《黄飞鸿之男儿当自强》中高潮戏黄飞鸿与纳兰元述的生死决斗，使得影片成为娱乐性非常强且经典的动作片。（网易娱乐评）