满清入主中原后，有讳于汉族民众以武术造反，严禁民间习武。少林本也应列禁例之内，但有鑒于寺中弟子皆武艺高强，清廷于是命少林选派弟子，教授八旗官兵武艺。然而有一将军（王龙威饰）深觉少林终乃清廷心腹大患，又不满于其隐匿寺中武僧，仅指派俗家弟子前往授艺，终生挑拨南北少林两家，另双方自相残杀以剿少林之念。

将军请得北少林弟子包山雄（鹿峰饰）、徐方（孙建饰）及杨仲飞（江生饰）三人至府中任教头之职，岂知三人抵达之后才发现将军府早已有三位南少林教头，双方在将军耸动下比武以分高低，由北少林三人胜出，得任将军府教头之位。南少林三弟子心灰意冷，欲离府而去，却教将军私下杀害，并嫁祸于北少林弟子。南少林三人之师麦奇（詹森饰）得知此事后，遂命其长子麦远（杨熊饰）和另二弟子前往将军府向北少林三弟子挑战，北少林弟子因不慎误伤三人，而更加深了南北少林间的误会。

门下众弟子皆伤于北少林弟子下，麦奇悲愤难当，招回游历在外的弟子何英武（郭追饰）及朱赞成（罗莽饰），伙同次子麦风（韦白饰）分别投于南少林名宿门下修练武艺，以和北少林弟子对抗，为同门师兄弟报仇。何英武等三人武艺大成后，虽敬重于北少林三弟子，疑事有蹊跷，但碍于同门弟子实乃伤在三人手下，不得不找上将军府与三人一决生死。

张彻在执导多部少林功夫片之后，找来倪匡合写剧本，同时还找来鹿峰、孙建、郭追、罗莽等乾儿子来担当主演，从而创作出了此片。

《南少林与北少林》借南北少林功夫较量的噱头，製造刺激场面，讲述了南北少林受清军离间而相互残杀的故事，整个故事高潮看点就是三个南少林弟子习武的那一段。练棍的，情节比较简单，也就为了提升轻功在脚上加了铁圈。练螳螂的情节比较搞笑，吃蛋。不过感觉这里还有些意思，一是在井台上做伏地挺身，先是双手五指，然后逐渐减少手指。剧中还有练咏春的，随着房子变小，咏春拳的寸劲就练出来了。总之，电影中看到的这些很可能就是民间流传的习练秘技。整部电影一直延续着大导演张彻的武打风格。首先是赤膊上阵，血拚杀敌，然后是几个人一个个死去。张彻的电影，女子一向都是微不足道。这里也是，三个北少林弟子死去，竟然临死他们也不看自己的女友一眼，也没有留下一句话。似乎在他们心中，女人竟无一席之地。然后，在鲜血的冷却中，留下了几个女子的号哭声。（金鹰网评）