1939年冬，盘踞在陕甘地区的土匪武装，发动叛乱。根据党中央和毛主席的指示，马专员带领八路军工作队去平叛。马专员赶到铺子村时，村庄一片火海，农协会成员汪娥娥丈夫阿宝被残酷杀害、汪娥娥被土匪强姦，马专员从火中救出汪娥娥孩子铁蛋，马上组织村民转移。延安警卫连长张志青奉命带领小分队前来接应马专员，马专员带领众乡亲进行了艰难困苦的转移。土匪韩少山等追赶紧迫，为不拖累大家，车大娘撞石身亡。国民党军队陈占山部派人前来接应马专员，马专员誓死不抛弃老百姓。为掩护民众转移，八路军战士赵直，被土匪抓住活活烧死，马专员悲痛欲绝。在支援部队的帮助下，八路军终于歼灭了土匪，打死匪首王老五，完成了转移民众的任务。

在平叛过程中，国民党陈占山部队错抓了一些被土匪裹挟的无辜农民。为解救这些农民，马专员在民众帮助下，调查取证。参谋长何朔干扰马专员办案，派人残酷殴打牛宽儿等人，让他们写下了自愿参加暴匪的招供书，威胁诱骗村民们做伪证，打死不听话的刘保命，追杀掩埋刘保命的赵德运，赵德运被迫逃走。马专员来找赵德运，救了重病在身的赵父。汪娥娥跟蹤赵妻，发现了躲在山洞里的赵德运。赵德运在马专员感化下，说出了带土匪抓走无辜农民的实事真相。马专员与何朔进行了激烈的辩论，何朔百般狡辩，马专员拿出有力证据，赵德运和被殴致死的刘保命尸体的出现以及屈打成招者彻底翻供等，使何朔诡计败露。真相大白，陈占山十分愧疚。被裹挟农民得到释放，牛宽儿等人积极参加了八路军，张志青带领他们奔赴抗日前线。

马专员去延安汇报工作归来，遇到从延安来陇东法庭工作的大学生李春晓，二人成为知音。汪娥娥加入革命队伍，成为法庭工作人员。李春晓按马专员的要求，到村子里办农民学习识字班，讲解法律知识。马专员、石大洪、赵开等走出法庭，到村子里办案，改变几千年来沿袭的坐堂办案作风。张志青主动和上级请求回到法庭，他见到汪娥娥惊喜异常。

马专员接手一个国民党的法庭——这里仍沿用着旧衙门的那一套，封三厚告赌馆被吊打；陈兰兰告与丈夫离婚竟不予立案。陈兰兰丈夫为吸毒竟将女儿卖掉换大烟。马专员和汪娥娥救下绝望上吊的陈兰兰。张志青要去抄赌馆，被汪娥娥死死拦住。马专员深入调查，许多人讲述了赌馆和烟馆的种种祸害。为找到罪魁祸首，马专员和李春晓乔装改扮进入赌馆，彻底摸清了我边区政府内物资科长潘志国勾结国民党司法处长顾鹏飞进行贩毒和开设赌馆的内幕。马专员们当场揭穿赌馆坑人的诡计。顾鹏飞和潘志国被抓获，并查出许多烟土和金银首饰等赌资。依照边区法律，潘志国被执行了死刑，惩治了党内的腐败分子，陕甘地区开展了轰轰烈烈的戒菸戒赌运动。马专员带领乡亲们烧掉旧法庭的刑具，砸掉跪石，宣告与旧的司法制度决裂，民众拍手称快。

杨发云和王统一因土地归属问题发生纠纷，马专员进行了调查访问，丈量杨、王两家的土地，查看他们的原始地契和界石，了解到真实情况。马专员说服王统一了结上辈人的恩怨；民众大会上，杨王两家终于和解。

郭族长带领郭氏家族阻止李翠姑再嫁。张志青、汪娥娥调解未果。汪娥娥回来路上，被土匪抓走。张志青和马专员赶去相救。马专员开枪打死韩少山，救出汪娥娥。汪娥娥的举动感动了郭族长和郭氏家族，他们扭转了观念，同意翠姑再嫁。

该片的播出引起了社会广泛的关注，作为一部司法题材的电视剧，在司法界产生了持续的热议，引发了人们对党的司法路线、人民司法核心价值、司法理念、审判作风、民众观念等论题的广泛探讨。（新浪网评）

《苍天》这部剧既具有现实性，又具有前瞻性，而且还从历史根源上讲到党的根本性质所在。这样的行业剧远远超过了一般意义上行业剧的概念。（国家广电总局电视剧管理司司长李京盛评）

这部电视剧中展现的审判活动，手续简便、不拘形式，民众都觉得方便，其基本价值取向就是求真与求实。（清华大学法学院教授张建伟评）

《苍天》所呈现的巡迴审判、送法下乡等办案方式，体现了司法的人民性，在当今仍然没有过时。（北京大学中文系教授韩毓海）