R1线原规划为用于连线广深、只设数个站点的快线，后来经过数次修改，曾一度增至24站，至申报环评审批阶段时缩减为21站。

R1线全长约58公里，其中高架线25.8公里，地下线30.3公里，地面线及过渡段1.9公里。线路起于西端望牛墩望洪路站，止于黄江中心站，设站21个，分别是：望洪路站、道滘站、道滘东站、人民医院站、汽车总站、滨江体育馆站、莞太路站、鸿福路站、新源路站、东城南站、水濂山站、大岭山北站、大岭山站、大岭山东站、松山湖站、大朗西站、大朗站、湿地公园站、黄江北站、黄牛埔站、黄江中心站。

线路西北端将与广州捷运5号线延长段在麻涌站接驳，而东南端将与深圳捷运6号线（光明线）接驳。

站点：

望洪站位于望洪路与水乡大道交会处，北为望牛墩镇，南为洪梅镇，可换乘穗莞深城际轨道。

道滘站位于道滘镇西部干道。

道滘东站位于广深高速道滘收费站东。

人民医院站位于东莞市人民医院西侧，万江大道上。

汽车总站站位于银龙路与万江路交会处，呈东西向布置于万江路下。

滨江体育馆站位于鸿福西路与港口大道交叉路口处。

莞太路站位于鸿福路和莞太路交会处。

鸿福路站位于鸿福路和东莞大道交会处，可换乘东莞捷运二号线。

新源路站位于鸿福东路与新源路交会处。

东城南站位于长泰路与莞长路交会处。

水濂山站位于莞长路上，站址东侧为启翔工业园，西侧为牛山鸿达工业区。规划的四个出入口分别位于莞长路两侧，在莞长路的水濂山路口无出站口。

大岭山北站设立于连马路和莞长路交会处。

大岭山站设立于大岭山体育公园旁石大路路口。

大岭山东站设立于大岭山建设路与南二路交会处。

松山湖站位于松山湖新城大道与沁园路交会处。

大朗西站位于大朗镇松佛路与联义路交会处，莞深高速东侧，车站东南侧有小英豪幼稚园，

大朗站位于大朗镇松佛路与美景路交会处。

湿地公园站位于富民中路荔香湿地公园南侧，富民大道与金民路交会处附近

黄江北站位于黄江镇公常路拥军四路交会处，高架敷设方式。

黄牛埔站位于公常路与东环路交会处南侧，高架敷设方式。

黄江中心站位于公常路与青龙路交会处南侧，高架敷设方式。

R1线建成后，可贯通广深线网，东莞市民乘坐捷运到广州或深圳只需1小时左右。

2014年7月21日，记者从东莞市轨道办获悉，原计画于开工的轨道交通1号线已经进入环评阶段，下一步还将进行工程可行性的研究报告，只有所有流程顺利进行后才会动工。