1986年，广梅汕铁路工程立项，广东省建设委员会批覆惠州地区客货站为惠州北站（今惠州站），车站设计货运装卸能力每年100万吨。

1987年，广东省计画修建粤东至福建铁路，其中常惠段铁路途经惠州东江北岸一带设站。

90年代的惠州站（今惠州西站）

1990年，惠州北站开工建设。

1992年7月1日，常惠铁路建成通车，惠州北站开通货运；同年11月1日，惠州北站开通客运。

1993年，惠州北站纳入京九铁路，改名惠州站；同年7月1日，惠州站至仙塘站开办货运业务。

1995年，根据原中华人民共和国铁道部工程设计鉴定中心批覆，同意惠州站更名回惠州北站。

90年代的惠州站（时惠州北站）

2001年，惠州市政府组织开展惠州北站改造工程。

2003年1月10日，惠州北站投用新站房；同年6月1日，惠州北站再次改名惠州站。

2017年12月28日起，惠州站成为惠州市唯一停靠普速旅客列车的长途铁路车站。

截至2001年12月，原惠州站（时称惠州北站）是一座只有两间用铁皮搭建的临时站房，硬体设施简陋，总建筑面积3000平方米。

截至2003年12月，惠州站站房总占地面积1.35万平方米。站房内部三个普通候车室总面积3455.60平方米，另有贵宾候车室面积80平方米，母婴候车室80平方米；全部候车室能同时容纳2077名旅客。车站售票厅设有12个视窗，一个询问处。车站货运门市面积482平方米；仓库10个，总占地面积7701平方米。惠州站站前广场面积20000平方米，能同时容纳1万多名旅客。惠州站造型独特，外墙採用白色涂装、透光玻璃为晶蓝色，中间进站口上方为大型LED萤幕，左端是一座竖直钟楼，挂有两个本钟；站房如一列整装待发的豪华快车。（据《惠城区志》记载：2003年至2018年期间，惠州站无其它改造）

惠州站全景

截至2003年12月，惠州站是一座地面站，共有两层；站房呈南北方向布置，东侧单面朝向；站外採用地面东进东出、站内採用平进平出与下进下出（跨线）相结合的进出站模式。车站第一层外部左、中、右区域分别是出站口、进站口和售票厅，站房内左边是第一候车室，右边是母婴候车室，中间为通往二层楼梯；二层南部是二候车室、北部是三候车室。站前广场位于站房东面，车辆通道呈U字型。

惠州站交通枢纽示意

截至2003年12月，惠州站上行距北京西站2257千米、下行距深圳站115千米；2台6线，其中侧式站台一座、岛式站台一座，共有三个站台面，占地面积7224平方米；露天堆货场占地面积1548平方米，物装卸线4条，有效线长2028米，专用线5条；途经惠州站的线路有京九铁路和广梅汕铁路（共线段）。

惠州站站台南端

截至2017年1月，惠州站一层售票厅内配有5台自动取售票机，两台位于门口，三台位于售票视窗最左边。

惠州站设有公安制证视窗，春运期间在进站口右侧附近摆设，平时在车站右边百米处铁路公安窗室内。

2005年至2007年期间，惠州站全年客流量分别为127万人次、148万人次、170万人次。

2017年，惠州站共传送旅客324万人次，到达旅客307万人次，全年总客流量631万人次。

惠州站通车场景

2015年铁路春运，惠州站提供免费无线上网服务。

2015年铁路春运，惠州站在候车室内装有8台多功能充电宝。

2018年铁路春运，惠州站开展“暖流行动”活动，向全市返乡流动人员发放雨伞、矿泉水、麵包、速食麵、应急药品和宣传手册各1万余份。

2019年铁路春运，惠州站正式启用“刷脸进站”服务。

据2019年3月惠州公共运输官网显示：惠州站有19条公交线路，站点位于站前广场南面。

截至2018年12月，惠州站门前的进站小马路即为计程车、其它社会车辆共用临时上下客区域，即停即走。

截至2018年12月，广惠城际铁路在惠州站站前广场地下设小金口站。小金口站C出入口正对惠州站售票厅，D出口正对惠州站出站口；两个城际站出入口与惠州站之间的距离约100米。

惠州站对面的广惠城际铁路小金口站

2014年6月24日，惠州市政府开始规划在惠州站站前广场建设惠州市中心客运枢纽。

2016年3月31日，惠州市政府开始规划在惠州站站前广场设定计程车专用候客通道和计程车停放场地。

2019年2月19日，根据惠州市政府和相关铁路设计单位规划，惠州轨道交通1号线设计途经惠州站。

2019年5月8日，根据深圳铁路枢纽总图规划（2016—2030年）获中国铁路总公司、广东省人民政府批覆，深惠城际铁路以惠州站（或小金口站）为起点站。

惠州站是承载惠州改革开放发展史的车站，铁路开通后，当地生产的饼乾、速食麵、啤酒等产品通过火车运到常平、广州，然后再转运到中国各地，极大节约时间和运输成本；第一列由惠州开出的火车总共有40节车厢，全部装满由惠州本地生产的食品等产品；惠州站新建的大楼已成为城市新景观。（《惠州日报》 评）