1956年12月19日，伴随着鹰厦铁路全线完工，作为起点站的厦门站正式建成。

厦门站（改造前）

1957年1月6日，厦门站正式投入运营，开办货运业务。

1957年4月12日，厦门站正式开办客货运业务，为三等客货运综合站。当时的厦门站占地800平方米，仅有一座简易木棚站房，候车室400平方米。

1958年运营初期，厦门站只有4股到发线（含正线和机车走行线），另有码头线2股，货物线2股，调车线1股，股道长450米，站线长5.116千米，道岔20组。

20世纪50年代至60年代，由于处于两岸对峙的特殊时期，厦门站成为重点破坏目标，多次遭到破坏。在这一时期，厦门站未进行改扩建，只延长股道长度至550米，并增加货物线1股。

重建中的厦门站北站房，2015年

1979年9月，厦门站扩建计画得到原铁道部批准，并于次年5月动工。

1983年5月1日，扩建完成的厦门站交付使用，新建的站房为四层建筑，包含两个候车大厅以及售票厅、行包房及贵宾候车室。

1988年，厦门站经改造，股道增加到16股，站线总延长12.689千米。

1993年12月，厦门站实现电气化。

1999年9月10日起，成为客运一等站。

厦门站北广场，2017年1月

2004年5月9日，厦门站由原上海铁路局转隶至原南昌铁路局。

2010年4月26日，福厦铁路正式通车运营，厦门站成鹰厦铁路和福厦铁路的终点站。

2012年4月，厦门站改扩建工程开工，包括重建站房和扩建站场，以及新建设站房和铁路股道下5条下穿通道；同年6月29日，龙厦铁路开通，厦门站成鹰厦铁路、福厦铁路和龙厦铁路的终点站。

2014年3月1日，因厦门站改扩建工程需要，厦门站主站房封闭施工，厦门北站、厦门高崎站、漳州站分担厦门站始发终到列车业务。

2015年2月4日，厦门站南站房、南广场投入使用。

2015年11月10日，厦门站2、3站台及2、3检票口正式投入使用。新站台投用后厦门站暂时未增开列车，而是将原有的6对南昌、福州方向动车的停靠进行了调整。

2016年1月24日，厦门站北站房投入使用。

原厦门站站房为三层建筑，局部四层，总面积8575平方米。一楼大厅高14米，净跨25米。站房东侧为700平方米的行包房（净跨20米），西侧为700平方米的售票厅（有售票视窗9个）；二楼共设3个候车厅，中部为软席候车区，两翼东西各有700平方米的候车厅（各配有母婴候车厅），可同时容纳乘客1500名，设有卫生间、盥洗间、盥洗台、饮水台等服务设施。

原厦门站站台长400米，宽14.2米，合计5964平方米混凝土地面，引桥3座153平方米；地道为双梯踏步式，梯宽3米，地道长20米，净高2.7米，宽4米。

截至2016年1月，厦门站建筑面积7.36万平方米，站房面积2.76万平方米，北广场占地面积1.4万平方米，南广场占地面积3.2万平方米。厦门站主站房是一座外形如白鹭展翅的白色钢结构建筑，反映了厦门滨海城市的风貌特色与时代感。

厦门站分南北两个站房，两个站房的一层为进站口、售票厅、候车室和1、8检票口，二层为候车室和2-7检票口。南北站房的一层由铁路股道和站台隔开，二层的候车室是相连的。

厦门站北站房设有供旅客进站的高架桥和供旅客出站的地下层，旅客从北站房进站时，需经过高架桥才能到达进站层，而旅客从北站房出站时，无需上下楼梯，出站便是厦禾路。南站房因地势相比北站房较低，所以可直接由地面到达进站口。

截至2016年1月，厦门站实行动车、普速列车分口进站：持“G（高）、D（动）”字头动车组车票的旅客，从北进站口进站（靠厦禾路）；持“K（快速火车）、Z（直达火车）、T（特快火车）”字头列车车票的旅客，从南进站口进站（靠站南路）。

截至2016年1月，厦门站站场规模5台9线，其中侧式站台2个，岛式站台3个，站台面8个，股道9条。途径线路为鹰厦铁路、福厦铁路和龙厦铁路，其中鹰厦铁路是中国东南部地区重要的铁路干线，福厦铁路是中国中长期铁路网规划中“四纵四横”快速客运通道的“一纵”——东南沿海客运专线（杭深客运专线）的重要组成部分，龙厦铁路是中国中长期铁路网规划“八纵八横”高速铁路网中沿海通道的重要组成部分。

厦门站自助售票取票设备位于厦门站南售票处和北售票处大厅内，截至2017年12月，共拥有29台自动售票机和22台自助取票机。厦门站自助售票机均支持电子支付购票，电子支付的方式有银行卡、支付宝、云闪付等，旅客可自由选择支付方式。此外，车站仍有10台支持现金支付的售票机，它们分别是：北广场售票大厅编号为138、139、140的三台自助售票机；南广场售票大厅编号为121、122、123的三台自助售票机；北出站口自助售取票厅编号为108、109、110、111的四台自助售票机。

车站售票厅设定了铁路公安制证视窗，乘客可在视窗办理临时身份证明。

2017年，厦门站传送旅客1031.13万人次。

2018年6月端午节假期，厦门站传送旅客10万人次。

厦门站小白鹭服务台创建于2004年，主要提供旅客谘询、重点旅客帮扶、遗失物品查找、广播寻人等服务。

厦门站小白鹭服务台

厦门站设有轨道交通站，途经的线路有厦门轨道交通3号线和厦漳城际铁路南环线（R3线），其中厦门轨道交通3号线在建设中，设有厦门火车站站；厦漳城际铁路南环线（R3线）正在规划中，设有厦门站站。

厦门站周边普通公交站点设定如下：

乘客可在以上公交站换乘常规公交。截至2018年9月，以上公交站共开通始发或途经的常规公交线路56条、旅游线路2条、空港快线1条。

厦门快速公交BRT在厦门站北广场北侧的厦禾路上设有火车站站，截至2018年10月，厦门站快速公车站开通快速公交线路5条。

厦门梧村汽车站设于厦门站北侧的厦禾路上，2004年开始按照一级长途汽车客运站的标準建设，2009年8月1日投入使用。总建筑面积87810平方米，採用双层式，一层位发车位，可同时发20个班次，二层是售票大厅和候车大厅，其中售票厅共设定了14个售票视窗。