据说回族刚进入昌都时，由于人数少未能建立起一个独立的伊斯兰教活动场所，人们见面时只能互相致意。随着回族人数逐渐增加和经济能力的提高，清代中、后期昌都回族集资修建了汉宫式的礼拜堂，当时昌都回族中由于陕西后裔占多数，礼拜堂门上挂起“陕西回馆”金字木牌。陕西回馆既是回族穆斯林礼拜的场所，也是陕西同乡的文化娱乐活动中心。

改革开放后，昌都县政府拨出专款5万元，民众自筹资金5千多元，在政府的亲切关怀和大力支持下，一座结构精巧、朴实幽雅的小清真寺终于在1991年12月13日落成了。

寺占地2.3亩；礼拜殿总体建筑呈传统歇山式，殿内长8.5米，宽52米，建筑面积54平方米，能容纳1O0多人礼拜。殿门正中高悬“宏扬真教”木雕漆金匾；殿前台阶下有一棵百年杨树，与大殿漆红门栏相对，别具风韵。

昌都清真寺的建筑面积为2700余平方米，其中殿堂占地300余平方米。

採用了中国传统的四合院建筑形式。寺周围布置了礼拜大殿、学房、阿訇住房、沐浴间、厨房、客房、月台和屠场等建筑群，

大殿的门上悬挂着蓝底金字大匾。据说康熙五十八年间，皇帝赐封帕巴拉为呼图克图时，也御书赐给昌都清真寺。内还存有清乾隆年间的碑文，上书有“昌都县清真寺字样。据当地老人说，原先昌都有过3座清真寺，由于这里的穆斯林长时间生活在藏区，交通不便，与内地接触少等原因，有些逐步地藏化了。