1990年，《中国药物化学杂誌》创刊。

2001年，杂誌由季刊变更为双月刊。

2014年12月，正式入选国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

2015年，获中国科协精品科技期刊TOP50项目资助。

《中国药物化学杂誌》设有研究论文、研究简报、新药信息、科研快报、专家述评、合成路线图解、综述等栏目。杂誌刊载新化合物的合成及活性、计算机辅助药物设计、定量构效关係研究、药物合成方法、合成工艺改进、合成反应研究、天然产物分离鉴定及全合成研究等方面的科研论文；刊载手性化合物、手性异构体的合成、药物相关杂质的分离、鉴定，以及晶型类药物的合成方面的文章；有关原料药生产、合成过程中容易出现的问题、原料药申报过程中的体会、注意事项等经验交流类的文章；有关药物化学研发过程中新技术、新方法方面的稿件等。

杂誌的读者对象为药物研究院、研究所、医药企业单位从事药学、化学、生物学、中药学等领域的研究人员；中国国内外医药院校的教师、科研人员和研究生；与药学及製药有关的科技管理干部及医药情报人员等。

据2018年11月杂誌官网显示，《中国药物化学杂誌》第八届编委会有顾问编委3人、编委128人，设主编1人、副主编5人、执行主编1人。

据2018年11月24日中国知网显示，杂誌共出版文献2792篇。

据2018年11月24日万方数据知识服务平台显示，1999—2008年，杂誌共载文999篇，基金论文300篇。

《中国药物化学杂誌》被美国化学文摘（CA）、SciFinder Scholar、俄罗斯《文摘杂誌》、美国《乌利希期刊指南》（UPD）等国际文摘类杂誌和检索资料库收录；为《中国核心期刊要目总览》入选期刊（2017版）、中国科技核心期刊（CJCR统计源期刊）、中国科学评价研究中心RCCSE中国核心学术期刊、中国科学引文资料库（CSCD）收录期刊、中国生物医学文献资料库（CBM）收录期刊、中国期刊全文资料库（CNKI）收录期刊。

据2018年11月24日中国知网显示，杂誌总被下载715158次、总被引17160次、（2018版）複合影响因子为0.359、（2018版）综合影响因子为0.288。

据2018年11月24日万方数据知识服务平台显示，杂誌被引量为8041、下载量为61565；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）来源数据显示，杂誌影响因子为0.463，在全部统计源期刊（6735种）中排第3093名，在药学（72种）中排第39名。

站在当今药物化学发展的最前沿，报导该学科最新的科技动态与科研成果，为广大医药科技工作者提供了解新药研究、製药工艺研究、天然药物化学研究的视窗，促进世界医药事业的发展。