1994年国税、地税机构分设。同年 9月 28日 ，大理州国家税务局成立。辖大理市国家税务局、漾濞彝族自治县国家税务局、祥云县国家税务局、宾川县国家税务局、弥渡县国家税务局、南涧彝族自治县国家税务局、巍山彝族回族自治县国家税务局、永平县国家税务局、云龙县国家税务局、洱源县国家税务局、剑川县国家税务局、鹤庆县国家税务局、大理省级旅游度假区国家税务局、大理省级经济开发区国家税务局等14个县市国家税务局。

截止2010年12月，大理州国税系统现有在职干部职工1006人，中共党员601人，占总人数的59.74%。大专以上学历443人，占总人数的44.36%；本科以上学历415人，占总人数的41.25%；硕士研究生学历14人，在读研究生1人。

州国税局机关共有在职干部职工123人，其中中共党员92人，占总人数的74.8%。

大理州国家税务机关设有内设机构12个，即办公室、政策法规科、货物和劳务税科、所得税科、收入核算科、纳税服务科、徵收管理科、财务管理科、人事科、教育科、监察室、大企业和国际税务管理科；直属机构3个，即稽查局、车辆购置税徵收管理分局和直属税务分局；事业单位3个，即信息中心、机关服务中心和培训中心。另设机关党总支办公室、离退休干部科、机关工会、税务学会秘书处。级别均为正科级。

大理市国家税务局内设机构8个：办公室、货物和劳务税科、所得税科、收入核算科、纳税服务科、徵收管理科、人事教育科、监察室，级别为正股级。设定直属机构1个，级别为副科级，即稽查局。设定事业单位1个：信息中心，级别为正股级。按行政区划设定派出机构6个，级别均为副科级。

11个县国家税务局内设机构均为7个：办公室、政策法规股、税政股、收入核算股、徵收管理股、人事教育股、监察室，级别为正股级。设定直属机构1个：稽查局，级别为副科级。设定事业单位1个：信息中心，级别为正股级。11个县国税局按行政区划设定派出机构14个，级别为副科级。

大理省级经济开发区、旅游度假区国家税务局内设机构均为6个：办公室、税政科、收入核算科、徵收管理科、人事教育监察科、税源管理科，级别为正股级。设定事业单位1个：信息中心，级别为正股级。

截止2010年12月，大理州国税系统文明创建硕果纍纍，荣获全国精神文明建设工作先进单位称号1个，中华全国总工会授予女职工建功立业标兵岗1个，省委、省政府级“文明单位”9个，云南省妇联、云南省国家税务局授予巾帼文明岗6个，省局级“文明单位”12个（指县级局，不含原来表彰的26个分局），州委、州政府级“文明单位”11个，大理州委、州人民政府授予文明行业一个，县委、县政府级“文明单位”22个，大理州国税系统被省局命名为“文明系统”，州国税局机关被大理州委、州人民政府表彰为“民族团结进步模範集体”，国务院授予民族团结进步奖1人，共青团中央授予新长征突击手1人，人事部、国家税务总局授予全国税务系统先进工作者1人，国家税务总局授予全国精神文明建设先进工作者1人，人力资源和社会保障部、国家税务总局授予全国税务系统先进工作者1人，云南省国家税务局授予省级业务能手11人

1994年国税、地税机构分设时国税收入57170万元。

2013年全州国税系统完成税收收入734567万元，同比增收59612万元，增长8.83%。在全省16个州市中，税收总量排第6位，税收增幅排第6位，高全省平均增幅（6.65%）2.18个百分点。其中“三税”累计完成696956万元，比上年同期增收50755万元，增长7.85%。

截止2013年12月，全州现有税务登记76952户，其中正常开业户52280户；增值税一般纳税人2652户，个体45902户（起征点以上双定户2246户）。

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