1960年6月，合肥市将郊区辖区分别划归东、西、南、北城市人民公社。1961年2月，北市区人民委员会成立后，建立北市区人民检察院。1963年5月撤销北市区人民委员会成立郊区区公所，同时撤销北市区人民检察院。

1978年，中共中央和全国人大常委会要求各级党委抓好检察机关组建工作。1979年3月筹建郊区人民检察院，次年元月对外办公。人员编制6名，其中检察长1名。

1980年元月检察院受理案件，设刑事检察、经济法纪检察、办公室，人员编制17名，其中检察长1名，副检察长2名。

1981年1月，检察院内设刑事、法纪、经济、秘书4个股。

1983年，全国人大常委会《关于严惩严重危害社会治安犯罪分子的决定》，严打整治斗争期，检察院编制增加到25名。

1984年4月，检察院内设秘书科、经济检察科、刑事检察科和法纪检察科4科，人员编制34名。

1985年，检察院设立监所检察科，编制由34名调整为40名。

1986年，检察院设立调研室和监所检察科，人员编制44名。

1990年5月，检察院撤销经济检察科、刑事检察科、秘书科。设立刑事检察一科和二科、办公室、政工科、反贪污贿赂工作局(以下简称反贪局)。反贪局内设经济犯罪侦查队、经济罪案举报站和驻区税务检察室。人员编制50名。

1994年9月，撤销调研室，设立控告申诉检察科。同年7月，在合肥淝河汽车製造厂、合肥江淮汽车製造厂设立两个检察室，1995年4月撤销。

1996年7月，检察院设立民事行政检察科。

1997年11月，检察院内设机构11个、人员编制58人。内设机构：办公室、政工科、审查批捕科、审查起诉科、法纪检察科、反贪局（反贪局下设侦查一科、二科和综合科）、控告申诉检察科（控告申诉检察科与检察院举报中心、刑事赔偿工作办公室一个机构三块牌子）、民事行政检察科、监所检察科、技术装备科、监察室（纪检组）等。领导职数24名（检察长1名、副检察长3名、检察长助理1名，按院领导副职级别配反贪局局长1名、检察员3名、纪检组长1名、科室局部门领导职数14名）。

2002年3月区划调整后，郊区人民检察院更名为包河区人民检察院。内设机构10个，人员编制52人。内设机构：办公室、政治处（原政工科）反贪局（反贪局下设侦查一科、二科和综合科）、渎职侵权检察科（原法纪检察科）、侦查监督科（原审查批捕科）、公诉科（原审查起诉科）、民事行政检察科、控告申诉检察科（与举报中心、刑事赔偿办公室一个机构三块牌子）、职务犯罪预防科、检察技术科等。检察院配备检察长1名、副检察长3名；纪检组长1人；政治处主任1人（由检察院副职兼任或由院领导副职干部专任）；按副检察长级配反贪局局长1人、检察员3人。