1988年4月，大连铁路足球队成立。

1989年，大连铁路足球队开始参加乙级联赛。

1994年2月，转为半职业化球队大连铁路足球俱乐部队，由大连铁路局提供场地，毅腾集团提供训练经费。并以大连铁路分局利创足球队之名取得了乙级联赛季军，升上甲B联赛。

1995年，大连铁路足球队降级至乙级联赛，毅腾集团出资冠名为大连铁路毅腾足球队。

1996年，毅腾集团正式接手球队，成立职业化球队大连毅腾连铁足球俱乐部。

1997年，大连毅腾与降回乙级的大连顺发足球俱乐部合併。同年毅腾队离开大连火车头体育场，第一次将主场迁至外地，队名更名为鞍山毅腾连铁队。

1999年，有望沖入甲B联赛的球队遭遇“69事件”，在抽籤中失去沖甲机会。俱乐部以800万元人民币将毅腾一、二线队转售给大连实德足球俱乐部，一度退出了足坛。

2005年，球队重建并复出。俱乐部将主场迁往黑龙江省哈尔滨市。12月20日经中国足协正式批准更名为大连毅腾足球俱乐部哈尔滨毅腾队，重新进入职业联赛。

2006年，球队取得中国足球乙级联赛亚军，成功返回中国足球甲级联赛。

2007年，在中甲联赛中，球队共派出了38名队员登场亮相，在联赛最后16轮的比赛中还未获一胜，创下中甲两项新纪录。但因呼和浩特足球俱乐部退出中甲联赛而保级成功。

2008年3月，球队将主场迁往烟台，并在中甲联赛开赛前经中国足协正式批准更名为大连毅腾足球俱乐部烟台毅腾飓风队。球队在当季中甲以最后一名完成比赛，再次降级到中国足球乙级联赛。

2009年，球队迁回大连，以辽宁师範大学体育场作为主场，重新易名为大连毅腾足球队参加中国足球乙级联赛。

2010年，毅腾在沖甲关键战。加时赛最后5分钟，被郝海东率领的天津松江队以2:1比分逆转，与沖甲失之交臂。

2011年，随着大连实德足球俱乐部的复甦、大连阿尔滨足球俱乐部沖甲，留给大连毅腾队的发展空间越来越窄，所以球队经过慎重的考虑和长期的调研，将主场迁离出大连市，迁回哈尔滨市，球队更名为大连毅腾足球俱乐部哈尔滨松北毅腾队。同年，球队在乙级联赛以北区预赛第二名晋级决赛阶段，在半决赛哈尔滨毅腾是唯一一支来自北区的球队，球队在决赛以点球决胜方式击败重庆队获得乙级联赛冠军，在时隔三年后重返中甲联赛。

2012年，由于大连阿尔滨足球俱乐部的沖超成功等外部生存环境的限制，球队婉拒了大连市足球协会关于回归大连的提议，以大连毅腾足球俱乐部哈尔滨松北毅腾足球队之名，征战2012年中国足球甲级联赛，但注册地仍为大连市足球协会。同年6月30日，球队在主场哈尔滨国际会展体育中心体育场以1:0力克中甲劲旅呼和浩特东进队后，创造了中国足球联赛史上的记录——主场13连胜。

2013年2月28日，毅腾俱乐部将一线球队名称正式定名为哈尔滨毅腾足球队。11月2日，中甲联赛最后一轮中，毅腾队主场击败北京理工队，以3分优势力压广东日之泉队获得联赛亚军，队史首次升入中国足球超级联赛。12月4日，俱乐部正式将注册地迁至黑龙江省足球协会，以满足中超主场与注册地一致的要求。这也是黑龙江省首次拥有参加中国顶级足球联赛的俱乐部队，中超球队主场分布也因此向北拓展了。

2014年2月11日，由足协执行局局长马成全带队的检查组结束了对哈尔滨毅腾足球俱乐部的实地考察，足协表示毅腾符合参加2014赛季中超联赛的资格。3月7日，中超联赛第一轮在济南奥体中心鲁能大球场打响，哈尔滨毅腾客场对战山东鲁能泰山队，儘管在比赛第89分钟毅腾队被山东鲁能队绝杀，但这场比赛却开启了球队成立20年来第一次站在顶级联赛踢的第一场比赛。4月27日，中超联赛第八轮，哈尔滨毅腾队0:1负于北京国安队，毅腾惨遭联赛八连败，创造中超联赛最差开局记录和连败纪录。7月4日，曾效力于北京国安队和贵州人和队的中场球员阎相闯发微博表示，其与哈尔滨毅腾队签约。10月19日，中超联赛第28轮，在哈尔滨会展中心球场，哈尔滨毅腾主场1:1战平上海上港，而由于在晚间进行的比赛中，辽宁宏运战胜长春亚泰，所以哈尔滨毅腾也彻底失去了保级机会，提前降入中甲。10月2日，2014中国平安中国足球协会超级联赛正式结束，哈尔滨毅腾5胜6平19负，积21分，不幸降级。

2015年9月26日，中甲第27轮，哈尔滨毅腾主场2-2战平大连阿尔滨，赛后，艾尔帕提·迪力夏提因质疑球队踢假球，部分不明真相的毅腾球迷聚集在体育场门口。10月18日，哈尔滨毅腾主场0-1不敌北京控股，场边的毅腾球迷倒戈，撕毁了巨幅标语。10月23日晚，哈尔滨毅腾发布了《哈尔滨毅腾足球俱乐部致球迷的一封信》，回应质疑。不过事与愿违，公开信引发了部分不明真相球迷的不满。对此，毅腾足球俱乐部在10月26日再次发表公开信，以表明俱乐部的立场。

2016年，由于毅腾俱乐部内部原因和自身发展需要，俱乐部正式将注册地迁至浙江省足球协会，迁移主场至浙江绍兴。

2019年2月1日，中国足协公示2019赛季中超、中甲、中乙三级联赛获得準入资格的俱乐部名单。毅腾因基地未符合标準，失去中甲準入资格，根据相关规定，新疆天山雪豹将递补获得中甲準入资格。

以永不停息的战斗精神在足球赛场上努力拚搏，为争取早日进入顶级联赛而努力，并努力使自己成为中国足坛的骄傲。

2017年9月，中甲联赛丽江主场与浙江毅腾的比赛，爆出了客队球员被殴打的情况。中国足协调查事件情况的同时，也将在本周正式约谈两家俱乐部高层，不排除重罚的可能性。