2005 年吞吐量为 1,704,024TEU, 比上年增长 2.2%，世界排名第五十五位。

圣胡安港最大的运营商是克罗雷班轮服务公司，占整个港口吞吐量的三分之一；其次是 Horizon 班轮公司，其吞吐量略少于总吞吐量的三分之一；剩下的由 See Star 班轮公司和 Trailer Bridge 班轮公司运营。

以上 4 大航运公司都在琼斯条款的协约下进行运营，该条款规定，从圣胡安港到美国各地港口之间的船运业务只能由美国籍公司从事。

美国政府原计画利用该港在加勒比海极具竞争力的市场地位，在波多黎各海岛上再建一个重要港口，该计画由于加勒比海其它更有影响力的项目而耽搁了。

圣胡安港的当地政府正在致力于把该港建成“美国的港口”，同时，预计年吞吐量也将升至 200 万 TEU 。