圣胡安县是于1876年1月31日成立的。本县的县名乃来自圣胡安河和圣胡安山脉，而这些名称是西班牙探险者以使徒约翰的名字起的。

圣胡安区矿山联盟于1903年成立，这个联盟是矿山主对矿工工会要求八小时工作日要求的反应所创造的。由于它拒绝缩短工作日长度也拒绝提高工资，因而在当地导致了强烈的罢工。

根据2000年人口普查数据显示，圣胡安县的总面积为1006平方公里，其中陆地面积为1003平方公里，占总面积的99.18%；水域面积为2平方公里，占总面积的0.22%。本县位于圣胡安山脉的中心，当地有许多山峰高于4000米。本县亦是美国平均海拔最高的县，其平均海拔为3426米。

因为圣胡安县位于科罗拉多州中部，所以所有圣胡安县的周边县皆为科罗拉多州的县份。

根据2000年的人口普查县内有558名居民，分269个户，157个家庭。其人口密度为每平方公里一人。其中97.13%是美洲白人、0.72%是非裔美国人、0.72%是美洲土着人、0.18%是亚裔美国人、0.36%是太平洋土着人、0.72%是其它人种。0.90%为混血儿。西班牙裔和其它拉丁美洲裔的人占7.35%。

县内的269个户中23.8%有18岁以下的未成年人、43.9%是结婚夫妇、8.9%是带孩子的单身妇女、41.3%并非家庭、36.8%是单身汉、4.8%为65岁以上的老年人。平均每户2.63人。县内的人口结构为20.1%在18岁以下、4.3%在18至24岁之间、28.1%在25至44岁之间、40.5%在45至64岁之间、7.0%在65岁以上。平均年龄为44岁。女子对男子的性别比为100：110.6。成年人的性别比为100：112.4。

县内每户的平均年收入为30,764美元，家庭的平均年收入为40,000美元。男子的平均年收入为30,588美元，女子的平均年收入为19,545美元。人均年收入为17,584美元。约13.5%的家庭和20.9%的人口生活在贫困线以下，其中包括29.4%的未成年人和7.1%的老年人。