哈军工”从 1953 年到 1970 年共毕业 13 期 1.1 万人，其中涌现出一批拔尖人才，包括40多位两院院士，数百位省、部级领导和将军，数以千计的研究院所领导，博士生导师、教授、研究员，为我党我军培养了一大批高级军事科学技术干部。

1970年国防科委命令"哈军工"南迁与分建，"哈军工"飞弹工程系、电子工程系、计算机工程系以及院直机关内迁长沙，成立"长沙工学院"(现为“国防科技大学”)。哈军工"海军工程系"及部分其他系部教师留在哈尔滨，组建"哈尔滨船舶工程学院"，1994年更名为"哈尔滨工程大学"。1978年，学校被国务院确定为全国重点大学；1982年成为首批具有博士、硕士学位授予权的单位；1996年进入首批“211工程”建设高校行列；2002年由教育部批准设立研究生院；2007年，由国防科工委、教育部、黑龙江省政府、海军四方共建。学校现隶属于工业和信息化部。

学校是首批入选国家“211工程”建设和设有研究生院的全国重点大学，是我国“三海一核”(船舶工业、海军装备、海洋开发、核能套用)领域重要的人才培养和科学研究基地。