此口岸通关时间约为早上六时30分至晚上十二时，二十四小时通关仍在研究中；此关口特别之处在于其实行“一地两检”，即香港及中国内地边防人员在同一所大楼内进行检查工作；双方人员分别在不同但相近的地点，替旅客办理检查工作，但不会只由任何一方负责。这样的安排可以节省时间。

早前工程进行中的时候，由于深、港双方未能突破複杂的法制和行政问题，加上深圳方面的工程进度受延误，使“一地两检”迟迟未能落实。最后到2006年10月31日，《全国人大常委会关于授权香港特别行政区对深圳湾口岸港方口岸区实施管辖的决定》获得十届全国人大常委会廿四次会议通过。此《决定》授权香港政府在位于深圳境内的港方口岸区範围内实行全封闭管理，港方口岸区的範围及使用期限都由中华人民共和国国务院决定。在港方口岸区内实施香港法律，并由香港的执法人员管理。

香港立法会于2007年4月25日通过《深圳湾口岸港方口岸区条例》，为实施一地两检提供法理依据。随后政府将有关深圳湾口岸港方口岸区的附属法例呈交立法会省览。

深圳湾口岸已于2007年7月1日傍晚6时连同深港西部通道启用，以庆祝香港主权移交十周年。由于其通车属于庆祝香港主权移交十周年的活动之一，所以由中国国家主席胡锦涛与香港行政长官曾荫权等主持启用典礼。

根据香港法例，由于深圳湾口岸的港方口岸区被划作边境禁区，过境人士必须持有有效旅游证件。非过境人士，必须持有香港警务处发出有效“出入禁区许可证”﹝俗称禁区纸﹞方可进入，否则会被香港的执法人员检控。

深圳湾口岸启用当日，港方共有五条专利巴士路线（B2、B3、B3X）及一条专线小巴路线（新界618）于傍晚6时起投入服务，后来又增加两条巴士路线（B2P、B3A）[1][2]，而深圳方面亦有两条巴士路线投入服务（90及机场8线），并将一条现有巴士路线245线迁往深圳湾口岸。另由2007年7月8日起，深圳的230号线（蛇口海上世界至华新村）亦会绕经深圳湾口岸，后来又增加4条巴士路线(31、98、123、217)。另外，由永东直巴管理有限公司营办，往来香港国际机场至深圳湾口岸的「航天新干线」，亦于2007年7月13日起投入服务。

香港公交线路

新大屿山巴士：专营巴士B2号（元朗站 - 深圳湾口岸） 15分钟/班

B2P号：从香港天水围南天慈村往来深圳湾口岸 (每天服务) 15-20分钟/班

城巴：

专营巴士B3号（香港屯门码头- 深圳湾口岸） 15-30分钟/班

B3A/B3特别班次 香港鸣琴轻铁站往来深圳湾口岸 　30分钟/班

B3X/B3特别班次 　香港屯门市中心往来深圳湾口岸　 20分钟/班

永东直巴管理有限公司：

过境路线：京基百纳广场，深圳湾口岸 ---- 香港葵芳、旺角（油麻地碧街）、西湾河（嘉亨湾） 30分钟一班

◇专线小巴

专线小巴618号（香港天水围北天恩村 - 深圳湾口岸）（由天祐有限公司营办）

◇的士 　市区及新界的士也可以驶入深圳湾口岸港方口岸区接载乘客。

深圳湾口岸公交线路

90路（深圳湾口岸 - 世界之窗总站）

123路（深圳湾口岸 - 秀峰工业园总站）

245路（深圳湾口岸 - 民治公交停车场）

B737路（深圳湾口岸 - 东角头总站）

B817路（深圳湾口岸 - 桃花园总站）

M299路（深圳湾口岸 - 深圳北站枢纽公交场站）

M409路（深圳湾口岸 - 月亮湾填海区）

M474路（深圳湾口岸 - 桃源村总站）

M506路（深圳湾口岸 -中山园场站）

M507路（深圳湾口岸 -西乡大铲湾码头）

N26路（深圳湾口岸 -蛇口沃尔玛）

N27路（深圳湾口岸 - 西乡大铲湾码头）

机场8线（深圳湾口岸 - 机场新航站楼）

高峰专线120（深圳湾口岸 -深圳北站枢纽公交场站）

E19路 （深圳湾口岸 -马山头总站）

M206路（深圳湾口岸 - 东周总站）

高峰专线75（深圳湾口岸 -滨河苑）

大运城邦－深圳湾口岸专线（深圳湾口岸 -大运城邦）