朱元璋垂暮之年，太子朱标体弱多病，为沖喜，将开国元勛徐达的次女徐妙云嫁与朱标，不料新婚之夜，太子即逝，太子妃刚成新娘即成新寡。朱元璋四子燕王朱棣乃徐妙云的妹夫，文武皆备，朱元璋欲立朱棣为皇储，遭群臣反对，最终立皇孙朱允炆为皇储。

朱棣和朱允炆都暗恋徐妙云。徐妙云只是对朱棣情有独锺。 朱元璋驾崩，朱允炆即位，对二十五位雄踞全国各地当藩王的皇叔厉行削藩。燕王揭竿而起，经三年多“靖难之役”，从北平打到南京，围攻京城，建文帝朱允炆与徐妙云从皇宫的鬼门逃出城外，朱棣荣登皇位，对建文帝数年追杀。

徐妙云同时爱恋着朱棣和朱允炆，京城被围前后，与两位同是大明天子的男人阴差阳错地各有“一夜风流”，半个多月后，徐妙云在与建文帝逃难途中，发现自己已有身孕，但因同时与两位天子有染，竟然难以自辩所怀身孕是哪位天子的骨肉。爱与恨、情与仇，在两位天子与一位绝世皇妃之间展开殊死的搏斗。最终，身怀六甲的徐妙云跳入长江，绝命滚滚波涛，无法面对两位深爱着他的大明天子。

建文帝万念俱灰，削髮为僧，四处流浪。明成祖朱棣从此在宫中永不立后，从南京迁都北京，建设紫禁城，一生六次亲征漠北，编成《永乐大典》，派遣郑和下西洋，建立了不朽功绩。当朱棣最后一次征北时，在大沙漠中，遇一游方仙僧，两人长久凝视，潸然泪下。朱棣即逝于凯旋的归途中。后人称朱棣为永乐大帝。

本剧是高虎继《天龙八部》的“虚竹”后，再次出演和尚。

本剧侧重反映皇权斗争，集宫廷斗争与人性揭示于一炉。以明朝初年历史事件为背景，讲述燕王朱棣起兵造反纂夺皇位的全过程，剧情真实可靠，场面恢弘磅礴。全剧完美再现了一代枭雄朱棣的韬光武略与情仇爱恨。（新浪评）

儘管出品方希望将《大明天子》打造成一部震撼心魄的经典历史剧，但观众所看到的却是艺术与思想的双重倒退。朱元璋的廷杖、诏狱之刑是大明治国之法，被简单地理解成是为了给皇孙登基扫清政治障碍，甚至将朱棣与允的宗室恩怨、叔侄争霸的原因也归结为一场莫名其妙的畸形恋爱。一个好题材就这幺可惜了。剧中申军谊的扮相算是不错的了，但也更像是一个喜怒形于色的绿林好汉，与那位胸怀韬略、运筹帷幄、赫赫有名的永乐大帝相差几光年都不止。《大明天子》在藏拙方面用功显然不够。大的纰漏像朱元璋典仪上百官颜色犯沖的朝服，而一些小细节也有画蛇添足之虞。（东方网评）