明洪武二十四年（1391年）八月，朱元璋长子朱标巡抚陕西，回朝后患病不起。

明洪武二十五年（1392年）四月，朱标去世，东陵墓主朱标生前被朱元璋立为皇太子，曾主持处理过一些政务，同年八月附葬孝陵东。

朱标病逝后，朱元璋立朱标之子朱允炆为皇太孙，接替自己的皇位。

明洪武三十一年（1398年），朱元璋驾崩后，朱允炆即位，年号建文。建文在位时，尊其父朱标为孝康皇帝，庙号兴宗。

明建文四年（1402年），朱棣夺取帝位后，为了自己统治的需要，对朱标诸子及建文帝的后代实行残酷的迫害；同时废除建文帝的帝号和朱标的帝号、庙号，恢复朱标陵为懿文太子陵的称号，试图抹去建文帝主政的所有历史痕迹。自此，东陵的政治地位不断下降，后渐渐湮没无闻，无人过问。朱棣死后，正德、万曆、崇祯年间，不断有大臣提出恢复建文帝及朱标的历史地位的建议，但由于特殊的政治背景，这一尊重历史事实的要求一直没有实现。直到清朝乾隆时才恢复了建文帝及朱标应有的历史地位。

明东陵遗址牌

1999年4月以来，文物考古工作者在明孝陵以东相继勘探发现明东陵前门基址、排水设施以及门殿月台基址等多处遗址。为妥善保护600多年前的这一帝王陵寝，中山陵园管理局决定在此兴建明东陵遗址公园。自2000年以来在南京钟山南麓勘察发掘的明东陵，成为南京第一座帝王陵遗址公园。明东陵遗址公园的建设工程主要是对神道、陵门、享殿前门、丹墀、享殿、寝园、排水设施、宝顶等珍贵文物遗存进行保护。神道、陵门、享殿前门和其它遗存的环境整治工程已全部完成并对外开放。

明东陵经考古调查没有发现单独的神道石刻和御桥，说明东陵和孝陵共用一条主神道。孝陵的这一布局特徵开创了第一代皇帝陵寝的神道为后世子孙所共用的制度，并被北京明十三陵所继承。

明东陵的陵门是一座单檐歇山顶的宫门式建筑，上覆绿色琉璃瓦，原为三孔券门，现只剩建筑台基。享殿前门为一座三开间单檐歇山顶建筑，同样覆绿色琉璃瓦，规模与明朝多数亲王墓建筑一样。享殿是东陵建筑中最大的一座建筑，推测为五开间歇山顶建筑，上覆黄色琉璃瓦（推测，因在东陵遗址发现诸多黄色琉璃瓦，这是在帝王陵墓中才能看到的琉璃瓦色）。明东陵和一旁的明孝陵不同，没有明孝陵那样高大的封土（宝顶），因此太子的地宫到现在一直没有挖掘。

从明到清，朱标先后三次获得“帝号”。从这个意义上说，明东陵具备“帝陵”的历史地位，儘管朱标的陵寝建筑实际上是一座太子陵的建制，如陵寝中缺少明楼及方城，主体建筑多用绿色琉璃瓦等。有专家建议将明东陵称为明代第19座帝陵，从其历史地位而言，有相当的合理性。