点苍掌门一阳子（刘松仁饰）携弟子马君武（梁朝伟饰演）去九州府参加武林大会，途中君武结识了骑鹤美女白云飞（梅艳芳饰）。武林大会由官方主办，试图给武林中各门派划出势力範围。天龙帮为新兴门派，势力已凌驾于九大门派之上，帮主苏鹏海（吴启华饰）飞扬跋扈，大会主持人燕云十八骑之首曹雄（张铁林饰）为此深感头痛。天龙帮用蝙蝠阵对付九大门派，虽被白云飞的仙鹤击败，但各派均有多人受伤。马君武与白云飞为救众人，去找千年火龟。激战后，火龟胆却被半路杀出的的蓝小蝶（关之琳饰）抢走。二人追至海上大船，被蓝小蝶告知，白云飞本是前朝公主。战乱之际，蓝小蝶之父为救白，抛妻弃女二十五年。蓝小蝶之母含恨死去，小蝶因此要找“负心”的父亲复仇。蓝白二人交手，两败皆伤，马君武取走龟胆，白随之离去。

受伤众人怀疑曹雄勾结天龙帮，将其一众人马拘禁。一阳子不忍，偷偷将其放走。孰知曹雄脱困后，立刻调动大队人马，欲镇压九大门派，并离间一阳子与众人。白云飞与马君武赶回，但由于白受伤，无法运功用龟胆替众人解毒。苏鹏海挟持了蓝小蝶，率众杀往武林大会。众人不敌，幸蓝海萍（徐少强饰）赶到，击退苏，并救走蓝小蝶。白云飞留给马君武归元密笈，让其练成替众人治病，反令马与一阳子遭到曹雄等人的追杀。马君武与一阳子各带半部密笈逃走，曹雄抢到半部，但也跌落山崖。

山崖下，曹雄遇一武林怪人，受尽折魔，但也因此练成奇功。曹被逼吞下半部密笈，反功力大增。曹雄杀掉怪人，重返武林大会，先后杀死苏鹏海兄妹。蓝海萍为救女伤，争执中跌落山崖。蓝小蝶亦中了曹雄之春药，逃出后与马君武发生关係。一阳子将另外半部密笈与蓝合葬，大雨中，密笈溶化，渗入蓝体内，蓝海萍死而复生。蓝小蝶与白云飞相约决斗，曹雄中途杀出，欲将其一网打尽。蓝海萍、一阳子、马君武赶到助战，五人联手仍不是曹雄对手。白云飞用笛子将曹雄吹胀，二人一起消失苍穹之中。众人相信白不会死，誓要将其找回。

在众多香港武侠电影中，陈木胜执导的《新仙鹤神针》算是别具仙风道骨的一部，很多影迷也是因为电影中梅艳芳白衣竹箫驾鹤高飞的绝世风采而对本片情有独钟。确实，说到人物造型和电影美术，《新仙鹤神针》是一部不可多得的经典。而更可贵的是创作者寓于电影中对江湖世界的思考和玩味。

“千年火龟”的头部模型

影片中的很多镜头转换都很唐突，突然音乐停止或变化，镜头也突然来到另一个场景，让人很不舒服，也觉得不连贯。