1881年美国北美长老会西差会从香港派传教士纪文天牧师来到海口府城，租贷陈氏宗祠建立了海南第一个布道所，併购地筹备建教堂。1912年张约翰牧师前来接替，在府城北官村建起一座约500平方的大礼拜堂，后陆续建造牧师住宅、圣经楼，创办匹瑾女子中学、外美男子中学，“当时的府城堂，海南岛上一时无两。”

1939年日军占领海南，杀害了府城堂王志德牧师，1941年珍珠港事件后，美国传教士全部被送往集中营，教友只好分散在教友家里做礼拜。1945年抗战胜利，教堂恢复正常活动。1951年教堂由政府接管，教友在家里做礼拜，直到文革。

1981年内地恢复宗教政策，府城堂信众在马鞍街5号李运民长老家公开进行礼拜聚会。1985年政府划拨琼山区府城镇文庄路打铁巷22号给基督教府城教会，1989年建起了370多平方米的礼拜堂。

“2005年，海口市政府再度无偿划拨6500平方米土地给基督教府城堂异地建堂，并减免了多项税费，且拨款80万元支持。”

赭黄色的哥德式门廊与开敞明亮的两层内堂，融合了教堂建筑的庄严与海南建筑的地方特色，是海南岛内最大的基督教堂之一。

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