海峡两岸关係学术研讨会是两岸及港澳、海外学者开展学术交流，为两岸关係发展建言献策的重要平台。20年来，该研讨会坚持“加强学术对话，增进彼此友谊，推动两岸合作”，以其民间性、学术性和广泛性的特点，成为两岸交流的重要管道和知名品牌。

1999年7月14日，第8届海峡两岸关係学术研讨会在福建泉州闭幕，会议期间，来 自祖国大陆、台湾、香港和海外的学者在就两岸关係及相关的政治议题深 入研讨的同时，对李登辉的分裂言论进行了猛烈抨击。

2000年7月12日~14日，第9届海峡两岸关係学术研讨会在杭州召开。

本届研讨会的主题是“迈入新世纪的两岸关係”。在为期三天的会议中，130多名来自海峡两岸、港澳地区及海外的学者就两岸政治关係前景、两岸经贸关係发展等议题进行了深入探讨。

2002年7月9日，第11届海峡两岸关係学术研讨会在山东省青岛市开幕。

会议将以“新形势下的两岸政经关係”为主题，就两岸在政治、经济、文化等方面的交流与发展前景进行广泛深入的探讨。120多名两岸及海外专家学者与会，其中包括姜殿铭、许世铨、吴能远、严安林、李义虎、辛旗、曹治洲、朱卫东、朱显龙、姜新立、杨开煌、邵宗海、陈毓均、张麟徵、张五岳等两岸知名学者。此外，台湾民意代表朱凤芝、国民党政党工作部主任陈鸿基、前新竹市长蔡仁坚等台湾政界人士也前来参加会议。

2003年8月26日，第12届海峡两岸关係学术研讨会在广西桂林召开。

本次研讨会以“新形势下的两岸政治与经济关係展望”为主题，邀请了近百名来自海峡两岸和港澳地区及海外学者参加。在为期两天的会议中，学者们将就当前及未来海峡两岸的交流和两岸关係的发展趋势，在政治、经济、文化等各方面的发展前景进行深入广泛的探讨和交流。

2004年8月3日，第13届海峡两岸关係学术研讨会在大连开幕。来自大陆、台湾及海外的100余位专家学者与会，就两岸关係的现状与前景展开学术层面的探讨。

2005年8月2日~3日，第14届海峡两岸关係学术研讨会在河南省郑州市召开。

这次会议的主题是“当前台海局势与两岸关係的发展趋势”。通过与会者提交的论文与两天研讨发言内容的阅听，大体说，讨论的焦点问题主要包括以下五个方面：

一是《反分裂国家法》颁布后两岸关係分析；

二是连、宋、郁访问大陆后台海局势的观察；

三是台湾经济与两岸经贸关係的研究；

四是台湾政局演变的研判，包括国民党主席选举后的走向、台湾政治风向转变的可能性、台湾当局“去中国化”政策与所谓“二次修宪”问题；

五是台湾民意的理解与大陆争取台湾民心工作的具体建议。

2006年8月10日，第15届海峡两岸关係学术研讨会在北京闭幕。
为期两天的研讨会上，来自大陆、台湾、香港、澳门及海外的120多名专家学者就如何开创两岸和平发展新局面展开研讨。中国社科院台研所所长余克礼表示，反对和遏制“台独”分裂势力、促进两岸全面交流、开创两岸和平发展新局面是当前两岸同胞所面临的最紧迫、最重要的共同任务。目前两岸经贸关係是两岸关係中最积极、最活跃的因素，进一步推进两岸经贸关係是两岸参与经济全球化进程的必然要求，也是共创两岸和平发展的槓桿。
与会学者专家对两岸经贸发展提出了不少具体建议。台湾民意代表朱凤芝建议，两岸可以协商建立“农业经济特区”，台湾在农业生产技术、农产运销等许多方面积累了不少经验，可为大陆提供借鉴。

2007年7月31日~2007年8月3日，第16届海峡两岸关係学术研讨会在昆明召开。本届研讨会的主题是“构建和平稳定发展的两岸关係”。31日在昆明滇池温泉花园酒店“西山爽气”厅举行开幕式，中国社会科学院台湾研究所所长余克礼主持会议。

本届研讨会收到由67位专家学者撰写的六十篇论文。在会议上宣读论文的学者及论文题目是：清华大学台湾研究所副所长殷存毅《大陆经济转型与台商投资演变趋势》、台湾淡江大学教授韦伯韬《深化两岸财政金融经验之交流》、北京联合大学台湾研究院院长徐博东《大国格局变动与两岸关係》、台湾大学教授徐振明《短期国际资金进出两岸与金融稳定问题与对策》、中华全国台湾同胞联谊会顾问苏民生《台湾当局‘叩关联合国’意欲何为？》、美国洛杉矶华夏政略研究会会长王中平《美国下一届民主党政府对华政策推测》、福建省社会科学院现代台湾研究所所长吴能远《两岸关係与台湾民意》，台湾中国统一联盟副主席纪欣、南开大学台湾经济研究所所长曹小衡、中央人民政府驻香港联络办台湾事务部部长邢魁山也做了大会发言。国务院发展研究中心副主任、全国台湾研究会副会长孙晓郁也出席了会议。

2008年7月23日，第17届海峡两岸关係学术研讨会在长春市召开，大陆、台湾、港澳及海外的近百位专家学者与会。研讨会主题为“两岸关係和平发展的前景”。

2009年8月4日，第18届海峡两岸关係学术研讨会在南京召开，大陆、台湾、港澳及海外的近百位专家学者与会。本届研讨会的主题是“两岸关係和平发展的机遇与挑战”。

本届研讨会为期两天，日程包括大会宣读论文及小组讨论和自由发言等。与会学者提交论文近六十篇，内容涉及两岸政治、经济、农业与教育等多个方面。

中华全国台湾同胞联谊会会长梁国扬代表主办方致开幕词，就进一步巩固并深化两岸关係和平发展的成果，推动两岸关係全面正常化提出三点建议。

第一，巩固两岸协商成果，进一步增强两岸政治互信。面对两岸关係和平发展进程中的新问题和新情况，在协商过程中继续秉承“建立互信、搁置争议、求同存异、共创双赢”的精神，以确保两岸关係在和平发展的轨道上稳步前进。

第二，深化两岸经济合作，促进两岸共同繁荣。应早日建立两岸经济合作机制，共克时艰、共创双赢，切实维护两岸同胞的共同利益。

第三，加强两岸文教交流，促进人员往来，为两岸关係发展提供不竭动力。实现两岸同胞大交流、大融合，从心理上彻底打破阻碍两岸民众交流的藩篱。

2010年8月4日，第19届海峡两岸关係学术研讨会在西安开幕，80余位两岸及海外专家学者参加，探讨“ECFA与两岸关係发展之展望”。

2011年7月29日，第20届海峡两岸关係学术研讨会在山东枣庄开幕。

本届研讨会以“深化两岸交流合作，巩固和平发展成果”为主题，邀请了两岸、港澳及海外近百名知名学者参加。提交大会的论文60余篇，内容既有巨观论述，也不乏个案研究，广泛涉及两岸政治、经济、社会、文化等各领域。

为期两天的研讨会包括大会宣读论文、小组宣读论文、各组召集人汇报、自由讨论等环节，与会专家学者畅所欲言，就共同推动两岸关係和平发展保持良好势头和正确方向、深化交流合作、造福两岸同胞进行广泛和深入的探讨。

2012年8月6日，第21届海峡两岸关係学术研讨会在贵州省贵阳市举行。本届研讨会的主题是“两岸关係和平发展：深化互信，夯实基础”。

当天上午，邵宗海、刘红在内的两岸6位学者，首先就“后‘九二共识’时期两岸政治互信基础建立之探讨”、“深化两岸关係和平发展与再创新局”等议题做主题演讲。

为期两天的会议由全国台湾研究会、中华全国台湾同胞联谊会、中国社会科学院台湾研究所共同举办。来自两岸、港澳与海外的近100位学者专家将就“两岸增进互信”、“深化合作的内涵、路径和制约因素”以及“推动两岸关係进一步发展的理论创新”等问题进行深入探讨。

中华全国台湾同胞联谊会会长梁国扬代表主办方致开幕词，就进一步巩固两岸关係和平发展成果，筑牢两岸关係发展的政治、经济、文化和社会基础，拓展两岸关係和平发展新局面提出4点看法：

第一，持续增进政治互信，增强两岸再创新局的政治基础；

第二，持续提升两岸经贸合作水平，增强两岸互利合作关係；

第三，持续扩大两岸各界大交流，增强两岸塑造共同价值的精神动力；

第四，持续坚持以人为本、为民谋利的宗旨，增强两岸关係和平发展的民意基础。