巴克图口岸位于新疆伊犁哈萨克自治州塔城地区境内，地处东经82°48'，北纬46°41'，海拔460～480米。巴克图口岸对面为哈萨克斯坦共和国东哈州。从巴克图口岸入境至塔城市17公里，至乌鲁木齐市621公里；出境至哈方巴克特口岸800米，至马坎赤市60公里，至乌尔加尔机场110公里，至阿亚库斯车站250公里。

出塔城市区，沿着笔直宽阔的口岸公路西行12公里，就到了中国、哈萨克斯坦的边境口岸巴克图。这里是新疆距离城市最近的一个口岸。东与塔城市区相连，西距哈萨克斯坦的马坎赤镇60公里。开阔平坦的草地上繁花点缀，远处青山逶迤，两岸村舍影影绰绰，宁静悠远。 　因为近在城郊，巴克图口岸的建筑显得少而精当。国门哨所威武庄严，现代化的联检大厅宽敞明亮，五个过货通道上的车辆排成长队，一切都显得繁忙而有序。