于大旗尾山发源的九十九溪以支流众多而得名，是晋江市境内最长的河流。上游为彭溪和双溪两支流，流经晋江市内坑镇和紫帽镇，于晋江市磁灶镇下官路汇合后流经磁灶、池店于加沙桥上游纳入沿江、直溪、金鸡闸南渠，过加沙桥至双沟又分浦沟和乌边港两支流，分别由溜滨水闸汇入晋江和乌边港水闸入海。九十九溪流域面积354平方公里，其中晋江市境内137平方公里，河长47公里。