“云衢”的前身是创建于1808年（即清嘉庆十三年）的云衢书院，曾是香山四大书院之一。

公元1808年，四大两都人士醵资兴建云衢书院于大岭头村侧，以供学子习举子业。乡贤林谦曾设帐于此。主院者由两都人士轮值。1905年废科举、兴学堂，乃办云衢师範传习所，县委李心湖为所长。翌年八月，改办云衢高等国小堂。

1912年，易名四大两都云衢高等国小校。嗣以地方不靖，迁南朗墟大夫第，后徙榄岗义学。先后主持校政者为张福祥、黎家驹、程镜波、程宏道、陈荣抠、程秉勛、许瑞华、程锦涛、欧成康、陈侠军、严玉生等。

1941年试办国中实验班，秋间扩为四大两都联立云衢初级中学。1944年夏，中学迁往亨美村程草堂祠、国小仍设在原址。1945年，更名为中山县第四区区立第二中学。

1947年秋，与张家边四区一中合併为第四区区立中学。1948年春，迁校于茶东村陈氏宗祠。1953年秋，与五峰中学合併，迁校濠头，名四区中学，又名第四中学。国小仍设于榄边墟。先后曾名为四区二中附小、丰阜国小、四区第八国小、四区第三中心国小。其间主持校政者：中学有程立环、程桂钊、程式、孙子静、郑健；国小有林启汉、程康守等。

1957年，第三中心国小增设国中班，不久发展为榄边中学，借南塘国小校舍上课，曾一度更名为朝阳中学，校长先后由林启汉、李继勤等担任。

1985年，云衢中学重建。学校于1986年在云衢书院旧址附近的白塔埔前落成，李继勤、程炳抗先后担任校长。1991年，云衢中学与南朗中学合併，张绍扬担任校长。1999年，云衢中学与横门中学合併，陈月辉担任校长。

2007年秋，云衢中学与翠亨中学合併。南朗镇人民政府斥巨资于书院山旁新建校舍，聘任纪念中学管理骨干瞿良中担任校长。