1877年，古生物学家奥塞内尔·查利斯·马什（Othniel Charles Marsh）根据发现的部分化石建立了迷惑龙属（Apatosaurus），属名来自希腊语中的“ἀπάτη”（意为“骗人、欺骗”）和“σαῦρος”（意为“蜥蜴”），合起来是“骗人的蜥蜴”，因为迷惑龙化石中的人字形骨与其他恐龙不同，反而与着名的海生爬行动物沧龙相似。迷惑龙的模式种名为埃阿斯迷惑龙（A. ajax），种名来自希腊神话中的英雄大埃阿斯。

迷惑龙的命名者奥塞内尔·查利斯·马什

1903年，古生物学家埃尔默·里格斯（Elmer S. Riggs）指出，雷龙与迷惑龙非常类似，应为同种动物。按照国际动物命名委员会的规定，最早建立的迷惑龙属具有命名优先权，所以雷龙变成无效名，被归入迷惑龙属，名为秀丽迷惑龙（A. excelsus）。由于雷龙这个名字相当霸气和受欢迎，所以大众继续使用这个名字，雷龙也因此成为迷惑龙的非正式名称。1989年，美国邮政管理局发行了一套恐龙邮票，其中就包括雷龙。当时许多学者指出，雷龙是无效名，但是美国邮政管理局解释道，虽然科学家使用迷惑龙这个名称，但是大众更熟悉雷龙。

1915年，在犹他州发现的一具包括有头骨的恐龙化石暗示，秀丽迷惑龙的头骨应该是较长的，但是这一观点因为遭到了很多权威学者的反对，最终不了了之。直到20世纪70年代中期，古生物学家根据大量的研究材料和发现才终于确定，秀丽迷惑龙长有着狭长扁宽的头骨和棒状的牙齿。它们终于找回了属于自己的脑袋。

到21世纪，迷惑龙属内已经有了四个有效种，它们分别是：模式种埃阿斯迷惑龙（A. ajax）、秀丽迷惑龙（A. excelsus）、路氏迷惑龙（A. louisae）及小迷惑龙（A. parvus）。在雷龙被併入迷惑龙属后，质疑的声音就一直存在，其中就包括着名的古生物学家罗伯特·巴克（Robert T. Bakker）。巴克在20世纪90年代系统研究北美洲侏罗纪的大型蜥脚类恐龙时指出，雷龙很可能是有效属。不过他的观点并没有得到同行的普遍支持。

2010年，葡萄牙新里斯本大学的伊曼纽尔·特绍普（Emanuel Tschopp）、奥克塔维奥·马特乌斯（Octavio Mateus）及英国牛津大学地球科学学院的罗杰·班森（Roger B.J. Benson）组成了一个研究团队，他们计画通过研究15年来最新发现的化石，对蜥脚亚目恐龙进行系统发育学分析。在之后的5年时间里，研究团队无数次走访了美国和欧洲的各大博物馆，他们一次次在库房中寻找所需要的化石材料。研究团队最终分析了81个蜥脚亚目恐龙的化石个体（其中49个属于梁龙科），总结罗列出了477个不同的生理学特徵。在研究中，团队辨别出了迷惑龙属内不同种间的差异。就这样，在经过充足的分析对比之后，雷龙重新成为梁龙科，梁龙亚科下的独立属。2015年4月，来自葡萄牙和英国的古生物学家在4月7日的《Peer J》上发表了一篇名为《梁龙科的物种级系统发育分析与分类学修正》（A specimen-level phylogenetic analysis and taxonomic revision of Diplodocidae(Dinosauria, Sauropoda)）的论文，这篇长达298页的论文的核心就是，雷龙重新变成了有效属。

重新独立之后的雷龙属不仅包括了原有的模式种秀丽雷龙，而且还包括迷惑龙属下的小迷惑龙和原雷龙属（Eobrontosaurus）。雷龙属下包括有三个种：秀丽雷龙、小雷龙（B. parvus）及胸饰雷龙（B.yahnahpin），而迷惑龙属内有了2个种，它们分别是：模式种埃阿斯迷惑龙（A. ajax）、路氏迷惑龙（A. louisae）。

迷惑龙化石中的人字形骨与其他恐龙不同，反而与着名的海生爬行动物沧龙相似。

迷惑龙的头骨

迷惑龙的头骨，其外形扁宽，小牙齿集中在嘴巴前面，雷龙的头骨与其相似。

大部分时间栖于陆上，小部分时间栖于水中。

迷惑龙属主要为陆生动物。它们骨骼的特徵并不表明它们生活于水中，实验表明它们的骨骼完全能支持它们庞大的体重。

尚不明确。

尚不明确。