元丰三年(公元1080年)六月，“合马、步军两院置两专勾司，分勾百官、诸军请受”。两专勾司，即诸军专勾司和诸司专勾司。从其“分勾百官、诸军请受”和“遂以其一主诸司”可以看出，诸军专勾司与原马步军专勾司职掌～样，仍负责勾稽诸军请受，而诸司专勾则负责分勾司“诸司”、“百官”请受。诸军专勾司和诸司专勾司合称“诸军诸司专勾司”。元丰改制后，如前所述，诸军诸司专勾司隶属太府寺，仍为单独设立的审计机关。元丰改制后，诸军诸司专勾司既不属户部，又不属比部，而为太府寺的一个机构，一直延续到南宋。