明朝统一中国后，朱元璋于洪武三年（1374年）将其次子朱樉封为秦王镇守西安，并指令西安府长兴侯耿斌文和指挥使史濮英修建西安城墙和秦王府。历6年，于洪武九年（1380年）营建完毕，洪武十一年（1382年）朱樉正式来西安就藩。秦王府也就成为历代秦王居住、办公之地。

明末，1643年底，李自成率农民起义军攻占西安，俘获末代秦王——朱存枢，结束了秦王在西安长达270年的统治，并在秦王府成立了大顺农民政权。

1645年，清人入陕后，拆除了秦王府内所有的建筑和东、西、南三门，将秦王府改建为八旗教武场。

1921年，冯玉祥在西安修建督军府时，拆掉内墙的包砖用于修建督军府等处。

民国时期，秦王府有成为陕西军政活动的重要场所，现还存黄楼、西安事变指挥所等遗址。

1949年，新中国成立之后，为陕西省人民政府所在地。

南面城墙：在四面城墙中南面城墙保存应该属最好。南新街于新城广场接口东西两侧有已进行砌砖修复后的两端城墙，长300米左右，另在东段残存两端夯土墙，分别为广场小区前残存长7、8米，厚1米多一段和东亚银行院内残存3米左右一段，两端残存夯土相距30米左右。

东面城墙：紧邻皇城东路，南从省政府幼稚园起、北至西安市体育场西门止，有两端保存较完整夯土墙，各长150米左右，中间间隔10米，为省政府后勤中心大门，城墙下部有修复砌砖。

北门城墙：北门城墙较隐蔽，都隐藏在居民小区和省政府办公楼之间。在省政府北门两侧发现两端，东侧夯土长约20米，西侧夯土长约50米左右，下部有后来修复的砌砖。根据《考古与文物》2000年第二期《明秦王府北门勘查记》记载，1995年之前，应该还残存原广智门东墩台，此次没有发现，估计改造省政府北门时勘查后就已经平毁。

西面城墙：夯土基本不存，但是内侧砌砖保存较完整。

2003年，明秦王府城墙遗址被列为为陕西省第四批文物保护单位。