REX研究所事件发生一年后，位于研究所附近的废弃工厂中开始不时地传出不明机器运作的声响，不少警员尝试进入探查，但进入不久后无线电中断，随后便失去了联络，为了探明疑点，组织立即调派了新的指挥官带领潜入，最终发现了废弃工厂中散乱着大量将尸体变异为殭尸的设备，生化阴谋被败露后，一场新的战火被重新点燃……

英雄

指挥官英雄安德烈·弗朗西斯跟随着两位经验丰富的警员杰拉德与大卫·布莱克走在工厂中，地上的尸体让人不寒而慄，此时，他们同时听到了机器运转的声音，等待走过去一看，那个房间里布满了一堆不知名的机器，弗朗西斯让他们上好枪膛，随即他扔出一颗榴弹，谁知到里面冲出了无数红眼愤怒的殭尸，他们奋力抵抗，可殭尸的无限复活和数量优势让他们陷入绝境。最后，杰拉德逃了出去，大卫躲在了办公室里，而弗朗西斯摔倒在缝隙里不省人事。待弗朗西斯醒来，殭尸和同伴都不见了，他只能回到基地。当他知道杰拉德叛变事情有蹊跷时，他决定找到杰拉德和大卫，问清事实真相。可刚到沙漠基地（dustⅠ）便遇到了那些2次变异的殭尸，让他不得不先排除这些障碍。可弗朗西斯并不知道自己已经是癌症晚期，他的英雄之怒和双持沙鹰正在陪伴他度过人生的最后一些时光。

在此之后，他被任命为特种部队的副队长执行搜寻研究所人员的任务，在第三段剧情地狱围栏中遭遇埋伏圈被大量丧尸包围，虽然小队队员们奋力抵抗，但有限的弹药和敌众我寡的形势使小队很快就被丧尸群包围，而安德烈副队长受到队友们的帮助，拚命地冲破了丧尸的包围圈，但由于癌症病情的再度恶化让他感觉到自己命不久矣，他把自己在途中所获得的情报标示在地图上让后续部队能够按此继续进行调查，之后再次返回到阵亡队友的身边静静地等待死神的降临......

在生化模式3中，每局从男性角色玩家里面随机选择0-3名英雄，英雄的奔跑速度也明显要快于普通人类。而英雄登场之后将装备特殊武器——双持沙鹰和英雄之怒SVD(官方名称为：增强SVD+榴弹发射器)。不得不提一下的是新推出的强力武器英雄之怒SVDEX+榴弹发射器，这把枪除了可以使用普通模式进行射击之外，更是可以发射榴弹，对殭尸造成範围伤害，同时也会对殭尸产生击飞效果。多样的用途确保了在面对单个或是一群殭尸时都能发挥出强大的杀伤力。英雄将成为人类阵营对抗殭尸的中坚力量，围绕英雄以及榴弹枪，人类阵营在面对殭尸时将产生更多的战术，不再只是依託高处或是小道据守，甚至是围绕英雄向殭尸进行冲锋也成为了一种可能,而且英雄攻击力超高,无士气打几下头也能死。

英雄专属武器 “增强SVD+榴弹发射器”其实是把附加榴弹发射器的狙击枪，在游戏中该枪不为狙击枪所使用，而被分为自动步枪，原型作为狙击枪，其优良的攻击力与击退能力成为了众多殭尸的梦魇。2015年7月1日改版后的生化模式3中可以从英雄之怒SVD、破碎炙炎EX、英雄双刺和英雄M134四把武器中任选一把，也可以取消选择，继续保留原来的武器。

另外，游戏中还有球衣着装的麦克斯(男英雄)角色，属于CT阵营，玩家可直接选择，但该角色并非真正意义上的英雄，使用该角色不能拥有英雄专属枪枝(但该角色可以在一局开始时被系统随机选择为正版男英雄，被选择为正版英雄后即可拥有英雄专用武器)。