分类基于若干层次：家族，描述相近的进化关係；超家族，描述远源的进化关係；摺叠子(fold)，描述空间几何结构的关係；摺叠类，所有摺叠子被归于全α、全β、α/β、α+β和多结构域等几个大类。SCOP还提供一个非冗余的ASTRAIL序列库，这个库通常被用来评估各种序列比对算法。此外，SCOP还提供一个PDB-ISL中介序列库，通过与这个库中序列的两两比对，可以找到与未知结构序列远缘的已知结构序列。