蛋白质三级结构（protein tertiary structure）:蛋白质分子处于它的天然摺叠状态的三维构象。三级结构是在二级结构的基础上进一步盘绕，摺叠形成的。三级结构主要是靠胺基酸侧链之间的疏水相互作用，氢键，范德华力和静电作用维持的。（在二级结构的基础上藉助各种次级键捲曲摺叠成特定的球状分子结构的构象）

蛋白质的三级结构是指球状蛋白质的多肽链在二级结构的基础上相互配置而形成特定的构象。α螺旋、β摺叠、β转角和无规则捲曲等二级结构通过侧链基团的相互作用进一步捲曲、摺叠，藉助次级键的维繫形成三级结构，三级结构的形成使肽链中所有的原子都达到空间上的重新排布，它是建立在二级结构、超二级结构和结构域基础上的球状蛋白质的高级空间结构。

球状蛋白质及其亚基根据他们的结构域类型可以分为4类：全α结构、α，β结构、全β结构和小的富含金属或二硫键结构。

表现形式：结构域、分子伴侣。

三级结构多指肽链中所有原子在空间的排布。此外，在某些蛋白质分子中。二硫键对其三级结构的稳定也起重要作用。

1.含多种二级结构单元；

2.有明显的摺叠层次；

3.为紧密的球状或椭球状实体；

4.分子表面有一空穴（活性部位）；

5.疏水侧链埋藏在分子内部，亲水侧链暴露在分子表面；