第三临床医学院是广东医学院最年轻的二级学院，定位于湛江校区，现有在校本科生2431人。第三临床医学院开设的专业有：麻醉医学、医学影像学，面向全国20多个省市招生。其中医学影像学专业是“全国高等学校特色专业建设点”、“广东省高等学校特色专业建设点”和“校级精品资源共享课”。第三临床医学院和第一临床医学院现阶段採用师资共享、学生独立的管理模式。学院中层管理干部3名，专职辅导员6名，兼职辅导员1名。

2014年10月，学校为了落实广东省创新强校工程，推进广东医学院转型升级、提速升位，做好高水平大学重点项目建设，以及强化协同创新、进一步凸显我校重点学科、博士学位授权临床医学的学科实力和特色，发展壮大临床医学教育的需要，将麻醉医学专业、医学影像学专业从第一临床医学院划分出来的，成立新的第三临床医学院。