公元2015年，一个巨大的人型生物在日本登入。出动的联合国军，将那生物称作“使徒”，并予以猛烈地攻击，但全部失败。就连威力最大的N2炸弹，亦只是在短时间内减缓了使徒的步伐。与此同时，一个名为碇真嗣的少年接到阔别十年的父亲的信，被其父源度呼唤至第三新东京市地下的 NERV 本部。面对许久不见的儿子，碇司令所说的只是：“坐上EVA。”真嗣拒绝接受命令，但当他见到一位身负重伤的少女即将乘坐初号机出击时，他改变了自己的决定。来袭使徒压倒性的强大，第三新东京市的地下空洞以及EVA初号机这些SF方面的描写，使第一话显得多姿多彩。剧中採用了不少有电影效果的构图，相当有特色，但对于消极的14岁少年的性格，却十分难把握。副标题是和标题意思相同。 圣书中的使徒写作“MESSENGER”，在这个场合的ANGEL直译为守护神，也包含天使的意思。

　　在没有受过特殊训练的情况下，真嗣就和EVA 达成同步和使徒作战。发射后与第三使徒对峙的初号机，因为真嗣不熟悉操作，也无实战经验，在头部遭到使徒的攻击后活动停止。真嗣昏迷后初号机奇蹟般地再启动，在失控的状态下，用压倒性的战力将使徒击溃。面对冷漠的父子态度，美里提出要真嗣与她同住的要求。美里对真嗣作战的成绩表示讚赏，但真嗣希望这话是出自另一人之口。这一话以倒叙的方式紧接前一话的内容，EVA 初号机与使徒之间展开了战斗。比较引人注目的是可在瞬间见到的绝对领域（A.T.Field，即心之壁），当时很多科幻迷称之为防御罩。在初号机暴走后，瞬间扭转的战况予人为之一震的感觉，这为以后的剧情打下了良好的铺垫。第一、二话合成一部作为了全篇的序章。副标题中的BEAST是兽的意思，大家看到暴走的EVA初号机就可明白这个副题的含义。相同的感觉在以后的剧情中亦有出现。而在新剧场版破中，二号机也开启了“THE BEAST”模式。

　　为了防範使徒再袭，真嗣进行着EVA的操作训练，同时也转学到第三新东京市的学校就读。上课时，老师讲到第二次冲击的历史事件，可是同学们都不专心，在台下偷偷的利用电脑网路聊天。真嗣被套出是EVA 驾驶员，在班上立刻成为受欢迎的人，但同班的铃原东治却对他大打出手，因为他的妹妹在EVA 与使徒的战斗中受牵连而受伤。同日，第四使徒来袭，真嗣将从避难所里偷偷出来观战的东治与剑介救入插入栓，并无视美里的撤退命令，用高振动粒子刀杀死了使徒。真嗣的生活因为当了EVA的驾驶员而起了巨大的变化，但在某些方面，他亦反而受到遣责。就象许多其他剧本中的为了人类而战的主人公们，他们的存在反而被人们视为威胁一样。第四使徒是被真嗣独立消灭的，但没人会认为他是什幺热血沸腾的救世主，反而，出于他消极的观念对所处环境进行的反抗，倒给人留下了深刻的印象，这种思维方式，相信很多人亦有同感吧。副标题中的transfer解释方式有很多，但在这里译为转校生最为合适。要表达的意义，是所处在一个陌生的集团中的那种不安感。

　　与第四使徒战斗胜利之后，真嗣并未意识到他战斗的意义。他离开家后，在第三新东京市的郊外，与剑介呆了一夜，第二日被NERV的保全谍报部带回。放弃EVA驾驶工作之后，他将被护送回原住处。听毕剑介对真嗣心理的见解，美里急忙赶往车站去送行，列车已缓缓驶离车站，但月台上仍有一位少年的身影。这一集没有什幺激烈的战斗场面，完全是用来描绘真嗣心的轨迹的一话。希望别人关心，但又製造一种让人无法靠近的性格，其矛盾演变至最后，就会开始讨厌自己。出走，亦只是这一心理的一个小小的体现吧。在这一话中，为了描写真嗣的空虚，背景从都市到自然景象，都费了不少精力。副标题中的Hedgehog是指刺猬，Dilemma意为困境。刺猬希望给予朋友们温暖，但它越是靠近越会伤害别人。此理论出自叔本华的“豪猪二难说”。只是这里把豪猪换成了刺猬而已。

　　绫波丽是EVA零号机的专属驾驶员。她在真嗣调来第三新东京市的三周前的零号机启动实验中，因事故受伤。在学校，她无口无心无表情的性格使得没有人与她交往。但真嗣却见到她微笑着与自己父亲源度交谈，于是对丽产生了兴趣。第五使徒袭来，刚被发射出的初号机就遭到了高热加粒子炮的攻击。有关丽的剧情终于展开了。开场时就身受重伤，全身包裹着绷带。在真嗣无法理解的父亲面前，她却意外地露出笑颜。髒乱无摆设的房间，完全不象是一个女孩子的。还有桌上的那副眼镜，却是源度的。她的一切，似乎都是谜，如此一个玩偶般的角色，竟然位于全日本动画千万女性角色的首位，确实有些不可思议。副标题是第一个丽。