周仲瑛教授数十年来致力于中医理论和临床研究，在中医治疗疑难杂症方面颇多建树。二OO三年全国非典时期，他发表了《周仲瑛论非典型肺炎的中医辩论》一文，他的博士弟子运用这一理论，独立使用中医药成功治癒了16例SARS患者。在2008年的四川汶川大地震的抗震救灾中，他精心制订了两个防疫药方，即防疫清解方和防疫化浊方，供抗震救灾防疫使用。南京中医药大学根据他的处方製作成香囊送往灾区，为医疗预防贡献力量。

周仲瑛教授虽八十高龄，工作依然繁忙，为了满足社区民众的医疗需求，走进社区，来宁西门诊部定期坐诊，为基层民众服务，堪称专家学者的典範。

每周六他都会坐诊于宁西门诊部，为广大疑难杂症患者提供精心的治疗。

1985年起，历任国务院学位委员会学科评审组成员、国家自然科学基金会评审委员会委员、卫生部药品评审委员会委员、国家中医药管理局中医药工作专家谘询委员会委员、中国中医药学会常务理事等职。