奥特朗托军队入侵那不勒斯国家，李奥纳多.达文西利用其研製的武器瞄準了奥特朗特的战舰，却意外发现他的母亲在那艘战舰上，奥特纳多.达文西陷入了深深的纠结中，但是为了保卫他的国家,他迫于无奈地让火线继续燃烧。炮弹击中了并摧毁了奥特朗托的战舰，李奥纳多.达文西的母亲也被淹没于大海之中。庆功宴上，李奥纳多.达文西无心于庆功，他为自己亲手毁掉自己毕生追寻的母亲而感到后悔、伤心、无奈，同时又不愿意怀疑自己所研製的武器。在于阿方索.那不勒斯国王吵了一架后，他来到白天战争的站台上，却意外发现一些诡异的现象，他立即回去告诉大家，一些人怀疑奥特朗托军队还隐藏着他们不知道的实力，但国王不相信，他坚持第二天起航，把奥斯曼人杀个片甲不留。第二天早上，奥特朗托军队迅速重整，并发动进攻，而那不勒斯国家的救兵却在海上被海上炸弹摧毁，那不勒斯军队来不及防御就被猛烈击破，李奥纳多.达文西利用望远镜发现敌军进攻的武器是他的发明，李奥纳多.达文西又惊又怒。面对奥特朗托的进攻，那不勒斯无力还击，最后城墙被攻破，李奥纳多.达文西和残余的军队仍手持剑与敌人抗争，但终究力不寡众，阿方索.那不列斯战亡，李奥纳多.达文西和其他人被迫撤退。在躲避期间，李奥纳多.达文西和其他人躲避的地方碰巧遇上敌军在用李奥纳多.达文西发明的装甲车在扫蕩，李奥纳多.达文西他们面临着巨大的危险。

　　李奥纳多.达文西在在摧毁装甲车的过程中失败，同时也将自己置于危险之中。李奥纳多.达文西和剩余的人只能继续逃跑躲藏。奥特朗托军队战胜那不勒斯军队，那不勒斯国家面临亡国的灾难，义大利也面临着灭亡的灾难，教皇西克斯特认为奥特朗托下一个目标一定是罗马，是针对他，教皇十分彷徨，他要求吉罗拉莫.利拉奥做好準备，该花钱的地方要花钱办好。洛伦佐.德.美蒂奇被土耳其人捉住，备受屈辱。后来，李奥纳多.达文西被告知是阿拉西姆背板了他，阿拉西姆盗用了他的武器装置，并将它们给了奥特朗托军队，相当于利用他发动了战争，李奥纳多.达文西生气不已，阿拉西姆让李奥纳多.达文西加入他的队伍，与他一起完成它们的梦想，李奥纳多.达文西拒绝加入。后来，李奥纳多.达文西和他的伙伴一起策划逃跑，但在逃跑的过程中，又被敌人发现，然而，李奥纳多.达文西的父亲却在逃跑过程中停下了脚步，最后，他选择了直面死亡，被土耳其人捉住并杀死。

　　教皇西克斯特同意领导圣战，离开了牢狱。李奥纳多.达文西和泽罗成功逃离那不勒斯，但李奥纳多.达文西和泽罗面对是否要去罗马，是否要寻求吉罗拉莫.利拉奥的帮助起了争执，泽罗不愿意吉罗拉莫.利拉奥帮助，便离开了李奥纳多.达文西。李奥纳多.达文西仅见教皇，但教皇不相信李奥纳多.达文西，他要求李奥纳多.达文西亲吻他的戒指，李奥纳多.达文西迫于无奈亲吻了，然后离开了。吉罗拉莫.利拉奥追上去，说明了原委。李奥纳多.达文西便开始调查罗德里戈主教被杀的案件，罗德里戈主教被残忍杀害后又被倒钉在十字架上，在调查的过程中，又发现克拉丽斯被杀，同样钉在十字架上，经调查，李奥纳多.达文西怀疑是卡洛。吉罗拉莫.利拉奥便前往告诉卡洛，告诉卡洛李奥纳多.达文西的怀疑并说卡洛把迷宫置于危险之中，同时也想让卡洛带他去见迷宫的建造师。后来竟发现建造师是一直在自己身边的人，吉罗拉莫.利拉奥陷于纠结中，他不知道是否应该怀疑卡洛的忠诚。李奥纳多.达文西的调查有了一些眉目的时候，吉罗拉莫.利拉奥将他打昏，然后带到迷宫，卡洛将李奥纳多.达文西用机器折磨他，要求李奥纳多.达文西加入他们的队伍，但李奥纳多.达文西不愿意……

　　李奥纳多.达文西陷于迷宫中，他看见了自己的妻子卢奎齐娅和儿子安德烈在一起生活着，而他想带儿子安德烈去罗马接受嘉奖，而卢奎齐娅不同意，安德烈的性格和自己一样，而且对机器製造也很有天赋，但李奥纳多.达文西不想安德烈走自己的路，所以他反对安德烈学习那些机器製造，但又没有办法。泽罗和温妮莎逃跑到他们生活的地方，并希望李奥纳多.达文西能够去拯救义大利，但李奥纳多.达文西和卢奎齐娅都不愿意，不希望重返纷争。最后，李奥纳多.达文西还是选择了看《叶之书》最后一页，但此时，卡洛来了，卡洛要占有《叶之书》的最后一页，经过一番斗争，卡洛被李奥纳多.达文西他们绑住，但安德烈却被卡洛洗脑般，听信了卡洛的话，不但帮卡洛解绑，还拿刀刺向了他的妈妈卢奎齐娅，李奥纳多.达文西看到后，惊慌失措，他急忙打开《叶之书》的最后一页，看起来。他坚信自己要醒来要醒来。现实中，李奥纳多.达文西正在受着非人的折磨，吉罗拉莫.利拉奥他们在考虑着要不要放了李奥纳多.达文西，他不想李奥纳多.达文西死。最后，李奥纳多.达文西醒来，泽罗载着他去罗马。而卢奎齐娅却离开了，他想让李奥纳多.达文西知道她的价值。

　　   李奥纳多.达文西和泽罗回到佛罗伦斯，回到了他的工作室，泽罗希望他别回去，因为他认为这是个倒霉的地方，但李奥纳多.达文西不远离去，他要留下，他要拯救义大利。正当李奥纳多.达文西在回忆他的工作室时，他竟意外看见了他的母亲卡特琳娜，卡特琳娜告诉他，卢奎齐娅有危险，李奥纳多.达文西必须去救她而且要去寻找索菲娅，李奥纳多.达文西迷茫不已，不愿相信，也在此时，卡特琳娜又意外消失了，李奥纳多.达文西惊讶不已，他坚信，这是阿拉西姆搞的鬼，认为阿拉西姆又想来盗窃他的设计。吉罗拉莫.利拉奥和莫斯切拉夫人前往佛罗伦斯，请求与佛罗伦斯合作，拯救十字军，拯救他的国家，佛罗伦斯的皇后先于苦恼中，她不知道该如何选择。卢奎齐娅找到卢坡，想找到《叶之书》的最后一页，拯救义大利，但卢坡心怀恶意，他不肯告诉卢奎齐娅《叶之书》最后一页的地方，卢坡拿走了那一页，却看不懂。半夜里，卢奎齐娅闻声出来，却发现索菲娅被卢坡囚禁起来，卢奎齐娅急忙把索菲娅救起，但在这个过程中，卢坡回来了，他把卢奎齐娅打到并关进地牢……