厦门机场正在使用的是T3航站楼。1996年建成之初，它是国内最大最先进的航站楼，每年可容纳900万人次的吞吐量。

T4航站楼一楼是到达层，二楼是出发层。T4航站楼年旅客吞吐量达1000万人次。

2014年12月28日开始，T4候机楼启用，届时厦门机场实行T3、T4双楼运行模式。12月28日起，乘坐厦航、南航和河北航空的航班，以及所有国际、地区（港澳台）航班的旅客，要到T3候机楼办理乘机手续；乘坐其他国内航班的旅客，要到T4候机楼办理乘机手续。

2014年12月24日，新竣工的T4新候机楼首次向市民开放，吸引了4000名市民参与体验。

T3和T4之间有免费的穿梭巴士，10分钟一班。但是，如果你没有预留足够时间，而是掐着时间来到机场，进了旧候机楼才发现走错，再出来等候巴士，你至少要浪费半个小时，很有可能就因此误机。