由大小23个岛屿组成。陆地总面积为12平方公里。南麂为南麂列岛的主岛，外形似麂，头朝西北，尾向东南，面积7平方公里，海岸线曲折，计长24.8公里，周围有龙嘴头等5个呷角和国姓懊、马祖澳、火昆澳3个海湾及港湾南麂港。年平均气温16.5℃，海水终年清澈湛蓝，岩石受海浪长期侵蚀冲击，形成海蚀崖、柱、穴、平台等景观，有大沙澳、国胜澳、三盘尾等景区，人称“碧海仙山”。

海洋生物资源丰富，有贝类403种，藻类174种，鱼类397种，誉之为“贝藻王国”。1990年被国务院列为国家级海洋类型自然保护区之一。