南麂列岛海洋保护区国家级湿地自然保护区，中国第一个海岛海域生态系统自然保护区。位于浙江省平阳县东南海域。由南麂列岛海洋自然保护区管理局管理。南麂列岛国家级自然保护区成立于1990年。保护对象为为海洋贝类和藻类。保护区由南麂列岛及其附近海域组成，总面积为196平方千米，核心区有3处，其中最大的大沙岙——船礁，面积达6.63平方千米。南麂列岛自然保护区湿地被列为中国重要湿地。保护区属亚热带海洋季风气候，地处温带和热带过渡带，是江浙沿岸流与台湾暖流交汇和交替消长的区域，年均气温16.5℃，年均降水量1164毫米，全年无霜。

保护区湿地由23个海岛、14个暗礁、55个明礁等组成，最大岛为南麂岛，面积约7平方千米，最高峰为大山，海拔229米，平均海拔70～80米。湿地总面积1平方千米，主要为岩石性海岸，另有少量的浅海水域、潮间淤泥海滩和潮间盐水沼泽。潮汐属正规半日潮。潮差较大，平均潮差3.74米，最大达6.76米，是中国主要强海潮区之一。潮流属不正规半日混合浅海潮流，以往複流形式为主。表层水温年均18.7℃，最低7.3℃，最高31.8℃。年均盐度30.1，最低17.8，最高34.6。主要湿地土壤类型为滨海盐土亚类和潮滩盐土亚类，下属滩涂泥土1个土属，泥涂土、砂涂土2个土种。此外，在海岸线内侧，还分布有滨海盐土、潮土、粗骨土、风砂土等土类。

保护区内共有海洋藻类174种，约占全国藻类总种数的20%，占浙江省海洋藻类的80%以上。其中蓝藻门2属2种，红藻门51属105种，褐藻门20属36种，绿藻门9属31种。优势种有35种，包括半丰满鞘丝藻、坛紫菜、小石茶花、海萝、珊瑚藻、日本多管藻、羊栖茶、蛎茶等，其中黑叶马尾藻、头状马尾藻和浙江褐茸藻为世界海藻新种。共有维管植物34科64属80种。其中蕨类植物1科1属1种，种子植物中双子叶植物27科43属49种，单子叶植物6科20属30种。共有8个湿地植被群落类型，以砂质海岸潮上带的单叶蔓荆群落、矮生苔草群落、筛草群落、铺地黍群落和芦苇群落等较为典型。海洋动物资源丰富。共有贝类5纲15目188科421种，约占全国海洋贝类总种类的20%以上，占浙江海洋贝类总种类的80%。以腹足纲和瓣鳃纲种类为主。潮间带优势川有粒结节滨螺、短滨螺、日本菊花螺、日本蜒螺、单齿螺等；砂相潮间带优势种有斧蛤、等边浅蛤等；泥沙相潮间带优势种有珠带拟蟹守螺、黑荞麦蛤、棘刺牡蛎等；潮下带及浅海优势种有棒锥螺等。共有鱼类约397种，其中经济鱼类100余种，常见种有鲸鲨、何氏鳐、凤鲚、海鳗等。共有甲壳动物257种，其中蔓足类有15属28种。优势种有日本笠藤壶、鳞笠藤壶、三角藤壶、纹藤壶和龟足等。共有虾类18科39属79种，其中经济种64种，包括中国对虾、日本对虾、长毛对虾、中国毛虾、哈氏仿对虾等。共有蟹类17科68属128种，其中经济种39种，包括锯缘青蟹、中华绒螯蟹、三疣梭子蟹等。共有两栖类11种，代表种有有黑眶蟾蜍（见两栖动物）、沼蛙、泽蛙、黑斑蛙、斑腿树蛙、小弧斑姬蛙等。共有爬行动物13种，代表种有海龟、玳瑁、红点锦蛇、乌梢蛇等。共有兽类8种，代表种有臭鼩、江豚、水獭和髯海豹（见海豹）。共有鸟类9目20科40种，代表种有凤头、白鹭、雉鸡、矾鹬、黑尾鸥、黑枕燕鸥、云雀等。有国家Ⅰ级重点保护动物2种，包括中华鲟、达氏鲟；国家Ⅱ级重点保护动物14种，包括黄唇鱼、海龟、玳瑁、赤腹鹰、红隼、草鸮、江豚、水獭等。

保护区建立以来，平阳县委、县政府投入8000多万元资金用于保护区通讯、陆岛交通、供水等基础设施建设。1993年保护区被纳入中国生物圈保护区网。1996年省人大常委会批准并公布了《浙江省南麂列岛海洋自然保护区管理条例》。1998年制订了《浙江省南麂列岛海洋自然保护区管理条例实施细则》。同年保护区被纳入世界生物圈保护区网路。2002年被联合国开发计画署列为“中国南部海域生物多样性保护示範区”