蓝菌在地球上已存在约30亿年，是最早的绿色光合放氧生物，对地球表面从无氧的大气环境变为有氧环境起了巨大的作用。

蓝绿菌显微结构

藻体为单细胞或群体，或为细胞成串排列组成藻丝状的丝状体，不分枝、假分枝或真分枝，不具鞭毛，不产游动细胞，一部分丝状种类能伸缩或左右摆动；细胞壁缺乏纤维素，由粘肽组成，壁外常形成胶质鞘；无真正细胞核，核的组成物质集于细胞中央，无核膜及核仁；细胞内除含有叶绿素和类胡萝蔔素外，尚含有藻蓝素，部分种类含藻红素；色素不包在质体内，而分散在细胞质的边缘，藻体因所含色素种类和多寡而呈现不同的颜色。

虽然传统上蓝绿菌归于藻类，称为蓝绿藻门（Cyanophyte），近年研究通常将它排除，因为和藻类差异甚大，诸如缺乏膜包围的胞器，含有单一环状染色体，细胞壁含有肽聚糖，核糖体大小、成分和真核生物不同。蓝绿藻在特化摺叠的原生质膜（称为叶绿囊膜）上行光合作用。因此，它们即使拥有类似的生态栖位，彼此仍然差异很大。

蓝菌在地球上已存在约30亿年，是目前以来发现到的最早的光合放氧生物，对地球表面从无氧的大气环境变为有氧环境起了巨大的作用。蓝菌已知约2000种。目前蓝菌的系统发育分类仍未确定，根据色素种类可单分出类似植物的叶绿体，含有叶绿素a和叶绿素b的原绿藻类，根据形态可分为色球藻目（Chroococcales）、宽球藻目（Pleurocapsales）、颤藻目（Oscillatoriales）、念珠藻目（Nostocales）和真枝藻目（Stigonematales）。但以上分类可能除真枝藻目以外均非单系群，有待进一步研究。形态分类可参见细菌分类表。是发现年代最早的化石。

主要分布在含有机质较多的淡水中，部分生于海水中、潮湿和乾旱的土壤或岩石上、树干和树叶上，温泉中、冰雪上，甚至在盐滷池、岩石缝中都可以发现蓝菌；有些还可穿入钙质岩石或介壳中（如穿钙藻类）或土壤深层中（如土壤蓝藻）；也有同真菌共生形成地衣，或生于植物体内形成内生植物，少数种类能生活于85℃以上的温泉或终年积雪的极地。

蓝菌已知约2000种。目前蓝菌的系统发育分类仍未确定，根据色素种类可单分出类似植物的叶绿体，含有叶绿素a和叶绿素b的原绿藻类，根据形态可分为色球藻目（Chroococcales）、宽球藻目（Pleurocapsales）、颤藻目（Oscillatoriales）、念珠藻目（Nostocales）和真枝藻目（Stigonematales）。但以上分类可能除真枝藻目以外均非单系群，有待进一步研究。形态分类可参见细菌分类表。是发现年代最早的化石。

国际间对食用蓝菌门生物开始关注，因为不论土生和水生的蓝菌生物皆含有神经毒素BMAA（β-N-methylamino-L-alanine），并可能透过食物链不断累积产生生物放大作用，对人类的损害将逐渐增加。BMAA已证实会对动物产生强烈的毒性，加速动物脑神经退化、四肢肌肉萎缩等等，小量BMAA积累已能选择性杀死从老鼠的神经元。香港中文大学呼吁大众停止食用同属蓝菌门的髮菜，减轻患上肌萎性侧索硬化症、帕金森病和老人痴呆症的风险。（蓝绿菌的集体形态蓝菌的次生代谢产物微囊藻毒素（Microcystin）有非常强的毒性，可能会严重损害肝脏，引致肝癌。1996至1999年间，美国俄勒冈健康部门（Oregon Health Division）曾对市面上87种蓝菌及螺旋藻保健食品进行测试，发现其中竟然有85种保健食品均含有微囊藻毒素。 同种类的蓝菌含有不同类型的毒素，当中包括神经毒素（Neurotoxin）、肝毒素（Hepatotoxicity）、细胞毒素（Cytotoxicity）及内毒素等，使他们对人体及动物构成生命危险。已有纪录证明饮用或于被蓝菌污染的水源接触会引致中毒现象，但实际多少的摄取量会致命则未有定论。

蓝菌会产生有腥臭味的“水华”现象，最大危害是令饮用水源受到威胁，毒素影响人类健康。亦会令鱼类缺氧死亡。）

水族缸中的蓝绿菌（蓝绿藻）几乎都是颤藻属（Oscillatoria）的。能够在最短的时间内覆盖于水草、饰物与底床，形成一层蓝绿色至蓝黑色的大量薄膜。偏偏这个“藻类”并不是真正的藻类，对某些水族爱好者而言是最大的困扰。因为蓝绿菌的臭味比如何防治还要令人难以忍受。