曾厝垵是厦门最早建立教堂的地方，早在郑成功时期，罗马天主教宣教士利畸就在此修建教堂，后因年代久远而荒废。上世纪二十年代，平和传道人蔡振勲来到曾厝垵社居住，并在此传福音。1926年，曾厝垵的信徒已有60人左右。蔡传道遂在此建立一座教堂，即曾厝垵堂。抗战爆发后，由于日寇在曾厝垵烧杀抢掠，导致很多信徒逃往鼓浪屿、内地避难，教堂被迫停止活动。抗战胜利后，教堂重新举行聚会，然而几年后，海峡两岸战云密布，处于海防前线的曾厝垵堂再次被迫取消活动，教堂也被徵用託管。

改革开放后，随着宗教政策的落实，两岸局势的缓和，1994年政府将曾厝垵教产还给厦门市基督教两会。随着曾厝垵信徒的增加，2007年，教会向政府申请翻建老房子，并得到批准。2008年6月1日，完成危房翻建等筹备工作，正式投入使用，占地面积700平方米，主堂可容纳320人，陈妙真传道为聚会点负责人。2011年11月，曾厝垵聚会点经过有关部门审核，正式升格为教堂。陈妙真于2012年被按立为牧师，为曾厝垵堂首任牧师。