2016年，主演根据饶雪漫同名小说改编的青春校园网路剧《秘果》，在剧中饰演个性校花斯嘉丽；这是余芷慧个人首部影视作品，还为该剧献唱片尾曲《观察日记》。12月16号，现代奇幻侦探题材网剧《非正常事件集》上线，余芷慧在剧中首次挑战一人分饰两角的戏份，分别扮演白子一和白子莹两姐妹，一个善良单纯而另一个冷漠自私。

2017年1月16日，参演的校园言情网路剧《校花前传之很纯很暧昧》在优酷上线，在剧中余芷慧饰演周佳佳，是一位高智商黑客，给人高冷且腹黑的感觉，但实则外冷内热。之后，在都市情感剧《为了你我愿意热爱整个世界》中饰演李木子的同学兼室友。6月14日，治癒系推理网路剧《寻人大师》在爱奇艺上线，在剧中余芷慧出演夏骨朵的助手小希，最后被寻人团和骨朵开解。11月16日，参演青春歌舞喜剧《ART ON!艺术生》 。12月25日，青春音乐电影《再见路星河》（网路剧《最好的我们》路星河番外篇）在爱奇艺上线，在片中余芷慧饰演文双双，是一个深藏功与名的摇滚玩手。

2018年4月30日，继《秘果》后与陈哲远第二次合作参演的都市轻喜剧《她很漂亮》在芒果TV播出，余芷慧在剧中饰演朋克辣妹悠悠，是吕晓维的前任女友。8月29日，由爱奇艺与TVB合作的商战网路剧《再创世纪》在爱奇艺上线，余芷慧在剧中饰演烹饪网红曲端儿。

2017年3月26日，余芷慧作为十位“春田花花团”成员之一参加了以“带不走的美丽·跑过花海云崖”为主题的查济油菜花马拉松比赛。

余芷慧的长相姣好，让人印象深刻（腾讯娱乐评）。

余芷慧气质清新甜美。在作为处女作的《秘果》中，余芷慧在处理斯嘉丽如此複杂的角色上得到了导演和编剧饶雪漫的一致认可。之后，余芷慧在都市剧《她很漂亮》中将一个率直泼辣、敢爱敢恨的机车妹演绎出来，这也展现了她很高的可塑性（网易娱乐评）^、。