中心占地面积46780平方米，建筑占地总面积为25000平方米，总建筑面积为121200平方米，其中地上部分86740平方米，地下部分34460平方米。

普陀全民健身中心分为一期和二期项目。一期项目包括1号楼游泳馆和2号楼综合健身馆，总面积62000平方米，其中地下建筑22000平方米。二期为3号楼运动员公寓楼，总面积59000平方米，其中地下建筑12200平方米。中心内设“五馆两场”(包括游泳馆、羽毛球馆、桌球馆、篮球馆、网球馆、室外篮球场、室外笼式足球场)以及一万余平方米的配套服务用房。