日本越洋航空于1967年6月20日成立，当时称为南西航空（英语：SouthwestAirLines），并于同年7月开始营运，直至1993年7月才改成现时的名称。

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初期日本越洋航空以Convair240营运，直到母公司日本航空提供资金，允许其升级为YS-11，最后波音737。当日航飞机设备发生故障时，日本越洋航空会出借飞机予日航。日本越洋航空亦为日航集团旗下的波音737-400提供维修。日本越洋航空拥有琉球空中通勤69.8%的股权。

那霸机场：东京国际机场、中部国际机场、小松机场、关西国际机场、神户机场、冈山机场、松山机场、北九州机场、福冈机场、久米岛机场、宫古机场、石垣机场

石垣机场：东京国际机场、中部国际机场、关西国际机场、神户机场、与那国机场

宫古机场：东京国际机场、关西国际机场

久米岛机场：东京国际机场（只限夏季）

15架波音737-400

越洋航空的波音737-400

越洋航空的波音737-400