在2005年2月，第二代的iPod mini投入市场，并带有新的6GB型号（售9）和升级的4GB版本（售9）。最引人瞩目的，是两款型号改进了电池使其能用18小时。另外，它们减少了外壳的颜色（苹果电脑停止销售金色），并对其它微小的部分进行艺术改变。同时，二代的iPod mini取消了前一代所提供的交流电适配器和火线线缆。

2005年9月，苹果公司宣布iPod mini停产，发布了新的小容量iPod产品iPod nano。