西南科技大学农业科学技术研究院研究院，成立于2014年10月，2015年1月29日正式挂牌。成立农科院是西南科技大学“构建学校农学学科与相关学科间的协同创新体系，强化学科优势”的重要举措。西南科技大学农业科学技术研究院挂靠在生命科学与工程学院（农学院）。西南科技大学农业科学技术研究院下设综合管理办公室，有四川省生物质资源利用与改性工程技术中心、西南科技大学水稻研究所、西南科技大学小麦研究所、南科技大学（金富）家兔研究所、西南科技大学（铁骑力士）畜禽养殖产业化技术研究院等研究平台、西南科技大学食品科学研究所等研究平台。

西南科技大学农业科学技术研究院将紧密围绕农业种质资源创新与套用、农业现代生产技术与套用、农产品加工与农业生物资源利用三个学科方向，重点开展稻麦产业技术研发、兔猪羊产业技术研发、农业生物质功能产品（兽药、有机肥等）研发三个产业技术科学研究，努力构建行业科技支撑平台、行业企业支撑平台、地方支撑平台三个行业能力支撑平台，着重建设学科科研队伍、实验平台、创新实践基地三个创新能力支撑平台。

西南科技大学农业科学技术研究院的诞生是我校科技体制创新的产物，将在用人机制、共建产学研平台、协同创新、运行机制大胆创新和尝试。农科院将按照国家农业基础性战略和农业现代化“四化同步”战略要求，围绕农业发展国家需求、产业需求和地方需求，显着提升农科人才培养、学科建设、科技创新和产业服务能力，显着提高学校农科特色优势，努力建设成为特色鲜明的国家农业区域人才培养和科技创新基地。