研究所前身是静生生物调查所和云南省教育厅于1938年7月合作成立的云南农林植物研究所。1950年4月转属中国科学院，更名为中国科学院植物分类研究所昆明工作站。1953年3月更名为中国科学院植物研究所昆明工作站。1959年4月，经国家科委批准，正式成立中国科学院昆明植物研究所。

截至2015年5月，该所共有在职职工539人。包括研究员及正高级工程技术人员66人、副研究员及高级工程技术人员110人。科研人员中，有中国科学院院士2人，国家杰出青年科学基金获得者8人，国家优秀青年科学基金获得者2人，“百千万人才工程”国家级人选7人，享受国务院颁发政府特殊津贴人员15人，中青年科技创新领军人才2人，“外专千人计画”入选者1人，“青年千人计画”入选者4人，中科院“百人计画”入选者26人，云南省科技创新领军人才1人，云南省高端科技人才引进计画入选者12人，有“创新团队国际合作伙伴”1个，云南省创新团队3个。

中国科学院院士：周俊、孙汉董

国家杰出青年：郝小江、李德铢、刘吉开、杨祝良、孙航、谭宁华、陈纪军

国家百千万人才工程：郝小江、刘吉开、陈纪军、邱明华、李德铢、孙航、高立志

截至2015年5月，该所研究系统设定“三室一库”，即1个国家重点实验室、1箇中国科学院重点实验室、1个所级重点实验设施、1个种质资源库；此外，还有1个植物园、2个联合共建中心。

国家重点实验室：植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室

中国科学院重点实验室：中国科学院东亚植物多样性与生物地理学重点实验室

所级重点实验室：资源植物与生物技术重点实验室

种质资源库：中国西南野生生物种质资源库

植物园：昆明植物园

共建中心：山地生态系统研究中心（世界农用林业中心）、海盐工程技术中心（浙江省海盐县）

截至2015年5月，该所公共技术服务中心整合所内仪器设备共35 台（套） ，并纳入院大型仪器共享网管理。拥有400 兆、500 兆、600 兆核磁共振仪、液相-离子阱色谱质谱联用仪、液相-三重四极桿色谱质谱联用仪、三扇型磁质谱、高压液相色谱、气相色谱、气相色谱质谱联用仪、X-单晶衍射仪、圆二色散光谱仪、数字旋光仪、紫外分光光谱仪、红外分析仪等化学分析仪器设备；DNA 全自动遗传分析仪、Qiaxcel 全自动 DNA/RNA 分析系统、多功能遗传分析系统、基因组分析系统、调製叶绿素萤光成像系统、雷射扫描共聚焦生物显微镜、超速离心机、大容量高速冷冻离心机、萤光定量 PCR 仪、流式细胞仪等分子生物学实验设备。此外，中心还配置了 800 兆核磁共振仪、MALDI-TOF-TOF 质谱仪、多套分析&製备型 HPLC-MS 联用仪、以及实验动物全面检测系统等多台套设备。

截至2015年5月，该所植物标本馆（KUN）馆藏标本140余万份，是全国第二大植物标本馆。标本馆收藏植物标本120 多万份，图书馆藏书27 万册。

2015年1月28日，中国文化大学景观系主任潘富俊教授等一行18人访问中国科学院昆明植物研究所。

2015年1月31日，秦岭国家植物园园长彭鸿一行3人访问了中国科学院昆明植物研究所。

2014年11月15日至19日，第十届中国昆明泛亚国际农业博览会在昆明会展中心举办。

此外，研究所是云南省植物学会和中国植物学会民族植物学分会的挂靠单位，其中云南省植物学会通过了云南省学术性社会团体的等级评估，获得了4A级学会称号。

2015年8月31日，昆明植物所与纽西兰植物与食品研究院签署合作备忘录。

2015年8月10日，美国加利福尼亚州立大学戴维斯分校Steven Theg教授访问昆明植物所。

2014年10月24日，英国皇家园艺协会代表团访问昆明植物所。

2014年8月27日，国际水稻研究所Kenneth McNally博士和Michael Thomson博士访问昆明植物所。

2010-2014年，全所对外争取纵向科研项目总经费3.86亿元，其中，主持国家重大科学研究计画1项，国家科技支撑计画1项，科技基础性工作专项2项，重大新药创製专项1项，国家杰出青年科学基金2项，国家自然科学基金重点项目（含联合基金）17项。

截至2015年5月，该所发表SCI论文1769篇，其中发表在领域前15%期刊论文523篇；授权各类专利119件；获得省部级及以上各类科技奖励23项，先后获云南省自然科学特等奖2项，云南省自然科学一等奖2项，云南省科技进步一等奖2项，吴征镒获2007年度国家最高科学技术奖，周俊、孙汉董、李德铢先后获云南省科学技术杰出贡献奖。

截至2015年5月，该所主办3个学术期刊，《植物分类与资源学报》为中文核心期刊，入选2012年度 “中国最具国际影响力学术期刊”；

《Natural Products & Bioprospecting》（套用天然产物）于2011年8月创刊，2013年起被CA和PubMed收录；是由中国科学院昆明植物研究所与德国Springer出版集团联合主办的开放获取（open access）双月学术期刊，报导天然产物化学和相关生物学领域的前沿和热点，文章类型有研究论文、综述、新闻评论等，报导学科领域包括天然产物分离鉴定、天然产物合成、生物活性天然产物的生物学评价、生物有机和药物化学、生物合成和微生物转化、发酵和植物组织培养以及天然产物化学生态学等

《Fungal Diversity》（真菌多样性）为SCI收录期刊，2014年度影响因子达到6.938，在全球菌物学领域期刊排名第2。

重点学科研究领域：植物分类与生物地理、植物化学与天然产物研发、野生种质资源保藏与利用、民族植物学与区域发展、资源植物研发与产业化。

重大学科突破：引领“iFlora研究计画”、新药创製研发、植物种质资源与产业发展

研究所是国务院学位委员会1979年批准的博士、硕士学位授予权单位之一。共有2个一级学科博士研究生培养点，3个一级学科硕士研究生培养点，3个专业学位培养点，并设有2个专业一级学科博士后流动站。

博士点（一级学科）：生物学、药学

硕士点（一级学科）：生物学、药学、中药学

博士后流动站（一级学科）：生物学、药学

截至2015年5月，研究所1979 年开始招收硕士研究生，1986 年开始招收博士研究生，1991 年经国家人事部批准设立生物学博士后科研流动站，已培养研究生662 人，其中硕士生402 人，博士生260 人，在读博士研究生138 人，在读留学博士生5 人，分别来自韩国、巴基斯坦、尼泊尔等国，在读硕士研究生151 人。共获全国百篇优秀博士学位论文2 篇，中科院、云南省优秀博士学位论文4篇，90 余名毕业生获中科院院长奖学金及各类冠名奖。

1、该所所徽外形呈圆环型，圆的外圈为研究所的中英文，内圈为植物造型，一方面表现出研究所的主要研究对象为植物，另一方面表现出该所尊重自然，与自然和谐相处的理念。

2、所徽外圈为绿色，内圈为绿色，生动将植物的颜色搭配，突出其对植物的关注。

3、内圈植物下的数字1938，表现出该所的成立时间为1938年。

中国科学院优良传统：科学、民主、爱国、奉献

中国科学院院风：　唯实、求真、协力、创新

中国科学院昆明植物研究所所训：原本山川、 极命草木

所长：孙航

党委书记、副所长： 杨永平

党委副书记、副所长：王雨华

副所长：陈纪军