信息安全国家重点实验室最初是于1989年在中国科学院数据与通信保护研究教育中心（下简称“DCS中心”）基础上筹建，而DCS中心前身是1980年以中国科学技术大学曾肯成教授为学术带头人的电子密钥研製小组（EKOS）。1985年，中国科学技术大学正式批准成立DCS中心。2007年7月，DCS中心成为事业单位独立法人。

实验室于通过国家验收并正式对外开放，后于1999年进入中国科学院知识创新工程。

实验室2012年之前依託于中国科学院软体研究所（下简称“软体所”）和中国科学院研究生院（现为中国科学院大学，下简称“国科大”）两个单位，其中依託于国科大的部分称为中国科学院数据与通信保护研究教育中心，简称DCS中心，是信息安全国家重点实验室的创建者。依託于软体所的机构地址曾为中国北京市海淀区中关村南四街4号，依託于国科大的机构地址曾为中国北京市石景山区玉泉路19号甲，但在2012年实验室实体绝大部分迁入信工所。留在软体所的实体更名为可信计算与信息保障实验室（TCA），其人员不再属于信息安全国家重点实验室；依託于国科大的国家计算机网路入侵防範中心（NCNIPC）的人员也曾属于信息安全国家重点实验室，不过在信息安全国家重点实验室迁入信工所以后，此中心没有迁入信工所，因此其人员也不再属于信息安全国家重点实验室。

信息安全国家重点实验室拥有一支多学科交叉、理论研究与工程技术相结合、以年轻骨干为主体的高水平研究队伍。至2012年底，实验室共有固定人员103人（其中研究员20人，副研究员24人），流动人员（包括高级访问学者、博士后、博士生、硕士生等）275人。

实验室不仅是信息安全的研究基地，也是高端人才的培养基地。实验室拥有一支教学经验丰富的师资队伍，依託信息工程研究所设有信息安全、计算机系统结构和计算机软体与理论等学科的硕士、博士点和博士后流动站，已形成具有一定规模的信息安全高层次人才培养体系。实验室现拥有博士生导师20名、硕士生导师24名。截至2012年12月，实验室共为国家培养出站博士后59人，已毕业博士生160人，已毕业硕士生202人。

实验室拥有4700多平方米的科研办公用房，建有一流的科研工作环境。现有网路数据存储分析系统、高性能伺服器群、网路处理器开发平台、网路分析测试仪等科研设备2700余台/套，具备千兆级高速网路吞吐、高性能计算和大规模存储能力。

实验室根据信息安全学科的特点，国际信息安全发展的现状和趋势以及对国家经济建设和安全的重要作用，制定了如下研究方向和研究内容：

§ 密码学相关数学理论与方法

§ 密码算法设计与分析理论与技术

§ 密码算法检测评估方法与实现技术

§ 新型密码理论与技术(量子信息密码学、网路密码学、视觉密码）

§ 安全协定的形式化分析与验证理论

§ 安全协定的複杂性理论及套用

§ 多方安全计算协定理论

§ 实用安全协定的设计、分析与检测技术

§ 信息安全体系

§ 网路安全体系结构

§ 认证、授权与责任认定理论与技术

§ 可信计算安全技术

§ 作业系统与资料库安全技术

§ 无线与移动通信网路安全技术

§ 网路空间信任体系

§ 智慧型终端安全

§ 物联网安全

§ 逆向分析与可控性技术

§ 网路与系统脆弱性分析与风险评估方法

§ 入侵检测、取证、监控与应急回响技术

§ 恶意代码分析与防範模型与技术

§ 网路攻击技术

§ 信息隐藏与数字智慧财产权保护技术

实验室的总体定位是：瞄準国际信息安全学科发展前沿，密切结合国家信息安全战略需求，进行信息安全前沿性和前瞻性科学问题创新性研究和自主信息安全关键技术研发。

实验室的总体目标是：为国家信息安全保障体系建设提供理论指导和科学依据；对前沿性和前瞻性信息安全科学问题进行创新性研究，以促进和推动信息安全学科的发展；研发具有自主智慧财产权的关键安全技术和系统，以满足国家和行业部门的需求；为国家培养高水平的信息安全专业人才。

实验室成立以来，在科学研究、人才培养、学术交流、科研成果转化等方面取得了丰硕成果。至2012年底，已发表学术论文2700余篇，出版着作（译着）87部，获得国家发明专利授权76项和软体着作权226项；完成了国家标準规範30余项，参与撰写国际标準4项；承担国家级和省部级项目500多项，科研成果获国家级、省部级奖励26项，其中获国家科技进步一等奖1项，国家科技进步二等奖5项，国家自然科学三等奖2项，省部级一等奖10项。