1950年6月，新中国的科学院建立不久，在百废待兴的情形下，着手筹建数学研究所。筹备处设在北京文津街3号，由着名数学家苏步青任筹备处主任，周培源、江泽函、华罗庚、许宝騄任筹备处副主任，田方增任秘书。筹建工作受到中央人民政府的高度重视。1951年1月，政务院批文任命华罗庚为即将成立的数学研究所所长。1952年7月1日数学研究所正式成立，所址设在清华园内，确立了纯粹数学与套用数学协同发展的方针。最早成立的研究小组有数论、微分方程、力学、计算机研製、机率统计、代数、拓扑学等。

1953年上半年，数学研究所共有科研人员32人，其中专任研究员5人。仅在这32人中，后来当选为中国科学院院士的就有17人。

1956年，通过中国十二年科学技术发展远景规划的制定，数学研究所在保障数学各重要方向协调发展的同时，重点发展微分方程、机率统计等与国民经济和国防建设关係密切的分支。同时设立了泛函分析、数理逻辑等研究组，以加强相应理论学科的研究。1957年从法国归来的熊庆来先生负责建立了函式论研究组。同一时期，与力学和计算机研製有关的研究工作则独立出去，另行组建中国科学院力学研究所和计算技术研究所。在十二年科学技术发展远景规划的鼓舞下，数学所迈上了向科学进军的大道。

1956年，中国颁发首届国家自然科学奖。在全部3项一等奖中，数学所获得了2项，即华罗庚的“典型域上的多元复变数函式论”和吴文俊的“示性类与示嵌类的研究”。

这时期数学研究所的所址有了变迁，1957年临时迁往西苑旅社，1958年迁入中关村（现计算技术研究所北楼）。

1961年按学科建立了研究室，包括"四学科"（数论、代数、几何、拓扑），函式论，微分方程，泛函分析，数理逻辑，理论物理，机率统计，以及由力学、数学两所在钱学森、华罗庚、许国志倡导下从事新兴套用学科运筹学的室组合併而成的运筹学研究室。1962年由于国家任务的需要，新建了由关肇直、宋健领导的控制理论研究室。稍后又重设了力学研究室。各项研究工作迅速推进。

1966年"文革"开始后，研究工作陷入停顿。1972年周恩来总理关于加强基础理论研究的指示使数学研究工作又重新开展起来。1973年陈景润正式发表了他对哥德巴赫猜想的研究；1975年，杨乐、张广厚发表了关于值分布理论的研究。冯康等人于60年代初独立于西方创立的有限元计算方法，在国民经济和国防建设的许多部门获得了广泛的套用。这些代表性的工作向世人展示了数学研究所科研人员在极度艰难的条件下，坚持数学研究而取得的标誌性成果。

1976年粉碎“四人帮”以后，特别是1978年全国科学大会的召开，迎来了科学的春天。在尊重知识、尊重人才的氛围下，数学所科研人员努力追赶国际数学前沿，纯粹与套用数学各个领域的工作都得到全面迅速的推进，走上了健康发展的轨道。

1977年，中国科学院成立了以计算数学为主要研究对象的计算中心（1995年改为计算数学与科学工程计算研究所），所址在中关村南四街4号。1979年底，根据中国科学院决定，部分人员从数学研究所分出成立了系统科学研究所，从事控制理论、运筹管理、统计学、系统工程以及相关数学边缘学科的研究。数学研究所部分研究人员与原中国科学院套用数学推广办公室人员合併，组建成立套用数学研究所。数学研究所则以基础理论研究为主，兼顾套用数学和计算机科学等其他方向。1982年，当国家恢复颁发自然科学奖时，四个研究所再度以高水平成果而受到社会瞩目。1991年所址迁入中关村南四街甲1号。

1998年12月，在中国科学院知识创新工程的推动下，数学研究所、套用数学研究所、系统科学研究所、计算数学与科学工程计算研究所，整合成为数学与系统科学研究院。

根据2015年8月研究院官网显示，研究院有职工338余人，其中科研人员248人，包括中国科学院院士16人，中国工程院院士1人，第三世界科学院院士6人，中科院“百人计画”入选者和国家杰出青年基金获得者约80人，国家“千人计画”入选者4人，国家“青年千人计画”入选者3人。

院所风貌

中国科学院院士：吴文俊、王元、杨乐、陆启铿、万哲先、石钟慈、林群、陈翰馥、马志明、严加安、陆汝钤、李邦河、郭雷、席南华、袁亚湘、周向宇

中国工程院院士：崔俊芝

国家“千人计画”：吴黎明、张寿武、范剑青、陈贵强

国家“青年千人计画”：田一超、郑维喆、李文威

根据2015年8月研究院官网显示，研究院除了下属的4个研究所以外，还有9个国家重点实验室、中科院重点实验室、研究中心。2000年以来根据学科发展和实际需求又先后成立了13个交叉研究中心。此外，挂靠在研究院的全国一级学会有中国数学会、中国运筹学会、中国系统工程学会。

根据2015年8月研究院官网显示，研究院拥有全国馆藏最为丰富的数学专业图书馆，订有大量中国国外期刊，藏书逾21万册。研究院有先进的计算机及网路系统，包括万亿次机群（联想深腾1800）和超级计算伺服器，带有多种大型数学软体包。

院所风貌

截至2014年8月，研究院每年接待300余位国内外访问学者，与中国国内外学术机构有广泛的交流合作关係。该研究院历年举办的国际会议有：2014年中澳量子计算和量子信息处理年会、统计前沿课程2010高级暑期班与国际研讨会、第二届中德最佳化与套用研讨会、第五届国际表示论会议、第三届图论与组合算法国际研讨会、第13届国际双曲问题学术会议等。

根据2015年8月研究院官网显示，研究院历年来获得科技重要奖励500余项，包括首届国家最高科学技术奖（吴文俊），5项国家自然科学奖一等奖（华罗庚“典型域上的多元复变数函式论”、吴文俊“示性类与示嵌类的研究”、陈景润和王元等“哥德巴赫猜想研究” 、冯康等“哈密尔顿系统的辛几何算法”等），1项国家科技进步特等奖，1项有“东方诺贝尔奖”之称的邵逸夫数学奖，27（或者29）项国家自然科学奖二等奖，以及50余项国际学术奖励和荣誉。

2017年1月，项目複杂动态网路的同步、控制与识别理论与方法荣获自然科学二等奖。

《数学学报》是由中国科学院数学与系统科学院数学所和中国数学会主办的数学专业学术期刊，创刊于1936年，是中国数学会最早的刊物，也是中国的第一个数学期刊，主要刊登纯粹数学和套用数学方面具有独创性的优秀成果性论文，例如代数，数论，分析，偏微分方程，几何，机率论等。该刊为中国各核心期刊评选机构所评选的核心期刊，收录该刊的中国国内外权威性检索机构包括：中国国内各大资料库，美国数学会《数学评论》，俄罗斯《数学文摘》，英国《科学文摘》及德国《数学文摘》等。

《套用数学学报》是中国数学会主办的中国一流的学术刊物，创刊于1976年，主要刊登国际、中国套用数学及相关领域有关理论、方法或套用方面的研究论文，注重论文的创新性及学术水平。《中国科学引文索引》将该刊作为资料库来源期刊，《中国数学文摘》、《中国学术期刊文摘》和《中国科学技术期刊文摘资料库》（CSTA）等都为该刊作文摘索引。中国国外数学领域有重要影响的数学文摘刊物，如美国数学会的《数学评论》（MR）、俄罗斯的《数学文摘》、英国的《科学文摘》（SA）及德国的《数学文摘》等也都为该刊作文摘。在该刊上发表的文章已成为内地及香港各大、专院校及科研机构晋级、评奖和评定职称的重要依据。

《系统科学与数学》是中国国内外公开发行的学报类月刊，是中国核心期刊之一，主要刊登系统科学以及与系统科学有关的数学、交叉科学、工程套用等方面在理论和方法上具有创造性的学术论文，创造性地解决实际问题的科学技术报告，以及重要学术动态的报导。被中国国内外重要资料库或权威性文摘期刊广泛收录，包括：
美国 Current Mathematical Publications、美国 Mathematical Reviews、俄罗斯 Abstract Journals、日本《科学技术文献速报》、德国 Zentralblatt für Mathematik、《中国学术期刊文摘》、《中国数学文摘》、中国科学引文资料库、清华学术期刊光碟版、万方资料库、“Journal of Systems Science and Complexity”、美国 Science Citation Index Expanded

《计算数学》创刊于1979年，主办单位是中国科学院数学与系统科学研究院，是数值计算的理论、分析及其套用的学术性刊物。期刊主要刊登中国国内外科研人员在计算数学基础理论、方法和科学计算研究方面所取得的具有创造性和重大学术意义的科研成果论文。

《数值计算与计算机套用》是由中国科学院数学与系统科学研究院主办的学术性刊物， 季刊，主要报导： 套用计算机解决各种科学和工程问题的数学模型、计算方法、软体技术和重大数值模拟实践等方面所取得的创造性成果和研究报告。

《系统工程理论与实践》（月刊）是由中国科学技术协会主管、中国系统工程学会主办的集系统科学、管理科学、信息 科学等为一体的综合科技期刊，创刊于1981年3月。连续多次被评为“百种中国 杰出学术期刊”。是EI Compendex资料库收录期刊，也是中国在管理类期刊中唯一进入国际EI检索的 科技期刊。被国家自然科学基金委员会认定为管理科学重要期刊、全国中文核心期刊，入编《中国学术期 刊文摘》、《中国学术期刊（光碟版）》、（台湾）华艺数位艺术股份有限公司《中文电子期刊服务》。

《数学译林》是由中国科学院数学与系统科学研究院数学研究所主办的以译文为主的综合性数学刊物，目的是介绍中国国内外数学的进展，普及现代数学知识，促进中国数学事业的发展和水平的提高。

《数学的实践与认识》由中国科学院数学与系统科学研究院主办，该刊被以下资料库收录：CSCD 中国科学引文资料库来源期刊（2013-2014年度）（含扩展版），核心期刊：中文核心期刊（2011、2008、2004、2000、1992）。

根据2015年8月研究院官网显示，研究院下属的四个研究所是中国最早被批准具有硕士、博士学位授予权的单位之一，是首批国家批准的博士后流动站之一；有15个硕士点、12个博士点（二级学科）、4个博士后流动站（数学、系统科学、统计学、管理科学与工程），分布在数学、统计学、系统科学、计算机科学与技术、管理科学与工程五个一级学科中。

院所风貌

在教育部学位与研究生教育发展中心组织的2006年度全国学科评估中，该院数学学科以本学科最高评估得分（94分）在全国62个参评单位中取得整体水平第一名；2008年套用数学获北京市重点学科；2010年基础数学、计算数学、机率论与数理统计、套用数学、运筹学与控制论、管理科学与工程等六学科获中国科学院重点学科。

一级学科博士点：“数学”、“统计学”、“系统科学”、“计算机科学与技术”、“管理科学与工程”

一级学科硕士点：“数学”、“统计学”、“系统科学”、“计算机科学与技术”、“管理科学与工程”

二级学科硕士点：基础数学、计算数学、机率论与数理统计、套用数学、运筹学与控制论、统计学、系统理论、计算机软体与理论、计算机套用技术、管理科学与工程、管理运筹学、经济计算与模拟、企业管理、数量经济学、套用统计

根据2015年8月研究院官网显示，从招收第一批研究生至今，数学与系统科学研究院已为国家培养硕士研究生1565人，博士研究生1781人，其中1998年知识创新工程以来培养了硕士生338人，博士生894人。

在研究院各所培养的研究生中，愈50人先后获得国家杰出青年科学基金。近年来，有2人被评为“中国十大杰出青年”，3人获中国青年科学家奖，1人获全国五四青年奖章，3人担任“973”首席科学家，8人获香港“求是”杰出青年学者奖，10人获中国科学院青年科学家奖一等奖，等等。例如：

1991年，国家教委和国务院学位委员会为纪念中国学位制度创建十周年，表彰了一批做出突出贡献的中国博士硕士学位获得者，该院毕业生丁伟岳、郭雷、刘嘉荃、谢惠民、余其煌和陈贵强等六人被授予“做出突出贡献的中国博士学位获得者”。

该院在全国百篇优秀博士学位论文的评选中保持良好成绩：2004年－2010年产生了8篇全国优秀博士学位论文，平均每年1篇，其中2006年数学学科有6篇全国优秀博士学位论文，数学院入选2篇。至今有3篇获北京市优博论文；有21篇获中国科学院优博论文。

研究院2005年开始逐步实行博士生资格考试和硕转博资格考核，制定《硕转博资格考试管理办法》；加强硕转博生的专业考核和综合能力的考核工作，进一步提高研究生课程学习的积极性，并保证了博士研究生的培养质量，逐步形成了一整套较为规範的、行之有效的实施办法。该院是中国科学院大学第一个实行资格考试的单位。

研究院实行二段式的培养模式：一年级硕士生在中国科学院大学接受基础课程训练，之后回培养单位继续专业课程学习和科研工作。从1999年至今，该院导师开设了数学学科的大部分课程，每年开设课程近100门，不少课程被评为中国科学院大学优秀课程。

为保证开设课程质量，该院成立数学学科专家组，制定研究生培养方案，撰写教学大纲；编制《博（硕）士研究生课程设定》，数学学科是第一批完成课程设定的学科。制定《研究生课程管理规定》，实现所有课程统一管理，并与其它院所和高校共享；统一规範开课大纲、规範学分，统一开具课程成绩单。该院是第一个将博士课程列入国科大教学平台。

2009年该院和国科大数学科学学院联合创办“研究生实验班”。实验班是根据“加强基础、拓宽专业、因材施教、尊重兴趣”的指导思想，按照一年级集中统一基础课教学，二年级选择导师和研究方向的培养模式，採用更加灵活的管理方式，培养高素质创新拔尖人才。根据“加强基础、拓宽专业、因材施教、尊重兴趣”的指导思想，由该院着名学者组成导师组，以导师组的形式招生和培养，第一年不分导师统一基础课程学习和培养，一年后根据学生的兴趣和导师的要求，通过双向选择确定导师。

数学与系统科学研究院院徽是中国古代数学中勾股定理的一个几何证明。图案为一正方形，内含四个矩形，代表着数学与系统科学研究院由四个研究所组成，也象徵着研究院总体发展的四大战略任务。

院徽

“数系天地，勤笃求真”是数学与系统科学研究院的理念。数学与系统科学来源于自然和实践，同时又服务于自然科学与社会实践，“自然界的奥秘是用数学语言写成的”，数学是理解天地间万物的工具和基础。勤奋、踏实、执着是治学者所应具备的最基本的品质。作为数学与系统科学研究工作者，应当勤思笃行，具有只争朝夕、脚踏实地、甘于寂寞、坚持不懈的工作作风。为了探索和追求科学真理，应当具有敢于挑战困难、敢为天下先的自信心；具有不怕失败、不怕非议、不怕磨难的科学精神；具有理论“顶天”、套用“立地”的奋斗目标。

该院成立了研究生党支部和学生会，组织学生开展各种社会实践活动、素质教育活动、文化体育活动。“思源纵横系列讲座” 、“院长奖学金评选”、周末电影会、联谊会等丰富多彩的活动充实了业余生活。

2010年开始，数学院每年7月份举办中国科学院大学生数学夏令营，招收全国各高校数学及相关学科的本科生来该院进行集中培训。活动期间，邀请相关领域着名专家学者开设专题讲座、前沿报告；开展大学生数学竞赛、组织参观游览等一系列丰富多彩的活动。优秀营员将在夏令营期间参加数学竞赛，竞赛优胜者可参加招生面试，有机会被优先录取为推荐免试硕士研究生或直博生。