《神明之胄3》故事发生在一个图腾崇拜的时代，这是一片充满神秘色彩的远古大陆，这里有着名式各样的生物与原始部落。图腾战士是这个世界里最受人尊崇的职业。他们拥有超越常人的力量与智慧，有着坚毅的信仰。他们用各自的方式与力量守护着自己的部落。主人公小鱼便是在这样的环境下成长起来的，耶使自身条件不足，却仍以成为图腾战士为目标。在一次阴差阳错中，小鱼竟击败了一只剑齿熊；也正是凭着这样的运气，他开始了自己的图腾战士之路……