1982年1月－1984年2月，华中农业大学微生物专业毕业后留校任助教；

1984年2月－1988年5月，英国University of East Anglia注册，在英国John Innes 研究中心获博士学位，并做博后研究一年；

1988年6月－1991年12月，华中农业大学讲师；

1991年12月－1992年8月，华中农业大学副教授；

1992年8月－2000年7月，华中农业大学教授，1993年被遴选为博导；

2000年7月任上海交通大学教授、博导，Bio-X生命科学研究中心副主任，2007年至今任生命科学技术学院院长。2005年任微生物代谢国家重点实验室主任。2001-2003兼美国康乃尔大学客座教授；

2005年当选为中国科学院院士；

2006年当选为第三世界科学院院士；

2006年起任国际工业微生物遗传学组织专家委员会（GIM-IC）委员。

2010年当选美国微生物科学院院士。

2010年5月任武汉生物技术研究院院长。

2010年7月任武汉大学药学院院长。

现任《科学通报》、《Process Biochemistry》等数个国内外刊物特邀编辑或编委会成员。

2016年6月12日，农业部向社会公示了第五届农业转基因生物安全委员会委员名单，邓子新为国家农业转基因生物安全委员成员。

2017年2月，当选为国际工业微生物遗传学国际委员会新一届主席。这是我国科学家首次担任该国际组织主席。

夫人为上海交大教授、国家杰青、全国人大代表周秀芬。

1991年被评为国家级有突出贡献的中青年专家和有突出贡献的留学回国人员；

1992年获国务院政府特殊津贴和霍英东基金会“青年教师奖”；

1993年获首届中国青年科学家提名奖；

1994年获首届“国家杰出青年科学基金”、“中国青年科技奖”、农业部科技进步一等奖併入选国家教委跨世纪人才计画；

1996年入选人事部“百千万人才工程”第一、二层次；

1997年获“瑞典国王Baudiouin奖”;

2000年获美国康乃尔大学首届“Tang-Cornell 中国学者奖”；

2004年被评为教育部“长江学者” 特聘教授、获上海市科技进步一等奖；

2005年获“上海市十大科技创新英才”、上海市科技领军人物称号;

2005、 2006年两度获得中国高校十大科技进展;

2007获《环球科学》2007全球十大科学新闻、教育部自然科学二等奖、上海市劳动模範称号;

2008获全国五一劳动奖章。国家自然科学二等奖。

2010年获“全国先进工作者”荣誉称号，受到胡锦涛总书记的热情接见，并在上海劳动模範先进事迹报告会上作题为 《胸怀祖国作贡献，献身科学攀高峰》 的事迹报告。

2012年获何梁何利奖。

2015年获教育部自然科学一等奖(2015)。

此外，1991、1994、1997年三次获得美国洛氏基金会“生物技术生涯奖”。

蝉联2005、2006年中国高校十大科技进展，获评《环球科学》2007全球十大科学新闻。

2017年12月21日，邓子新入选“2017年度中国留学人员50人榜单”。

主要从事放线菌遗传学及抗生素生物合成的生物化学和分子生物学研究。其研究领域涉及微生物农（医）药的高新技术研究，链霉菌质粒和噬菌体的分子生物学，DNA複製调控、限制和修饰系统、微生物代谢途径、代谢工程及次生代谢产物的生物化学、抗生素基因簇的克隆、定位，基因的结构、功能、表达和调控，非天然性抗生素药物创新的基因工程等。先后共主持30余项国家级和国际合作项目，已在国内外学术刊物上发表270余篇研究论文。

⑴一种新的DNA硫化修饰系统已知DNA是由C、H、O、N、P五种元素所构成的，我室在作为生命中枢的DNA大分子上发现了许多微生物，包括一些抗生素产生菌，动、植物病原菌和海洋微生物基因组中硫（S）的存在，而且分离出与硫修饰有关的完整基因簇，打开一个新的学科领域。这项发现为从遗传学、生化学和化学领域协作攻关并从根本上揭示DNA硫修饰的本质提供了新思路。DNA新结构的最终阐明将丰富分子生物学的基础理论也将为DNA损伤，甚至癌症治疗因子的作用机理提供理论基础。如同甲基化的修饰（以前已知的唯一DNA修饰）导致了一系列新的发现一样，DNA上硫化修饰的发现也可预期产生分子生物学领域新的“信息”流。截至2005年，已拥有硫化修饰基因（簇）和一系列突变株，奠定了进行体外基因表达，研究酶学功能的条件，也为最终从分子水平上阐明修饰的化学本质和生物学意义奠定了良好的基础。

⑵重要微生物基因（簇）分离与克隆 基因资源是生命科学领域竞争白热化的一个焦点领域，也是未来重量级微生物新智慧财产权形成的基础。我室正加强对中国微生物基因（簇）资源，而不仅仅是菌种资源的重视。在已分离鉴定的许多重要微生物基因的基础上，抗真菌多烯大环内酯类抗生素杀念菌素基因簇，具有重要价值的微生物酶类的基因将包括磷酯酶A2，胆固醇氧化酶，脂肪酶基因及其一系列杀虫抗病微生物农药产品的正、负调节（途径专一性或全局性）基因等。许多类别的基因将构成中国首创和独有的智慧财产权，预期会对农业、医药、卫生、环境等领域高新技术产业的形成与发展作出贡献。

⑶微生物代谢工程与化学生物学 随着分子生物学的发展及其向微生物农、医药研究领域的渗透，微生物药物的生物合成正面临着又一次革命性的变化，即由基因工程发展到代谢工程的变化，也就是用基因工程手段来重新设计代谢系统。我室顺应这种变化，发展了一系列体内外的分子操作技术。已经分离的多烯、聚醚、氨基糖苷抗生素基因簇及其一系列与抗生素生物合成、代谢调控有关的因子的分离已经构成中国特有的智慧财产权，并用来提高现有一些药物的产量，它们的全序测定将使利用模组替换、基因改变、功能消除、功能获得等多种组合生物学手段设计和改造药物，形成一系列非天然性的天然化合物，在药物创新方面取得一系列突破成为可能。这种突破既可能是基础理论的突破，也具有潜在的套用前景，预期会对中国代谢工程的发展产生影响。

⑷分子微生物学技术和方法学创新 众所周知，以微生物为研究对象的分子微生物学方法学的进展是当今生命科学突飞猛进，一日千里的原动力。我室多年来在此领域积极探索，通过对质粒、噬菌体、转座子、基因岛、跨属接合转移等基础微生物学的深入研究，衍生出一系列“通用型”或具有特殊用途的载体，有些研究材料已被收录入大型工具书（Practical Streptomyces Genetics），供全世界使用。同时，还不断揭示出国际上通用的一些基因工程受体菌株的一些新属性，并构建出新一代受体菌株。我们将百倍努力，力争持续在此领域有所作所为。

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