2015年7月，在中山大学首届广东乡镇地区中学生夏令营开营典礼上，中山大学副校长黎孟枫宣布，中大将在深圳开闢中山大学深圳校区。

2015年11月，中山大学与深圳市政府签署合作协定。罗俊表示，市校合作通过10年左右的努力，将深圳校区建成具有中国特色、传承中山大学办学传统，具有世界一流水平的大学校区，使之成为支撑引领深圳经济社会发展，辐射港澳及亚太地区的高层次创新人才重要培养基地。

2018年6月12日，中山大学深圳校区全面启动建设。

中山大学深圳校区会设很多学院，并新建三所中山大学附属医院。新校区发展将会跟广州几个校区保持同样的水平、同样的发展程度、类似的专业结构建设。中大已经有广州南校区、东校区、北校区和珠海校区4个校区。其中，珠海校区被认为是未来“支撑中大建设世界一流大学的重要增长点”。

深圳校区将筹建20余个院系，包括：临床医学院（深圳）、基础医学院（深圳）、公共卫生学院（深圳）、药学院（深圳）；数学学院（深圳）、物理学院（深圳）、化学学院（深圳）、生命科学学院（深圳）；生物医学工程学院（深圳）、材料科学与工程学院（深圳）、电气与电子工程学院（深圳）、先进制造学院（深圳）；中文系（深圳）、历史系（深圳）、哲学系（深圳）、商学院（深圳）、环境科学与工程学院（深圳）、航空航天学院、能源与动力学院、建筑与土木工程学院、海洋工程与技术学院等。

深圳市在医学教育、医疗技术、疾病防控和新药研发等方面的需求巨大，深圳校区将重点建设临床医学、基础医学、公共卫生（卫生政策、流行病学）、药学院（化合药/生物药）以及3家附属医院，与广州校区现有的学科方向实行错位发展。生物医学工程、材料科学和工程、电子通信是深圳重点发展的新兴产业，深圳市有很强的创新和产业基础和需求，有华大基因、华为等大型企业研发中心，未来中大深圳校区的一流人才培养和科研创新，将与区域和企业的创新需求形成良性互动。

另外，新能源是深圳市未来发展的战略产业，中大深圳校区将重点对接发展热能工程、能源环境工程、新能源科学与工程等。海洋工程、航空航天产业是深圳市重点布局和发展的未来产业，深圳校区将重点发展海洋高端装备及器件研製、水下技术与工程、深海资源开发技术与工程等，以及开展航空电子、无人机、卫星导航套用、精密製造、微小卫星等。

中大文理学科实力雄厚，医科发展优势，工科发展不足，要加快进入国内高校第一方阵，迈进世界一流大学前列，文理医工都要达到一流水平，凸显综合性、研究型、开放式的内涵发展特质。因此，深圳校区布局8个医科和新工科学院，其中新工科发展对中大一流大学的建设非常关键。深圳校区的新工科将与深圳未来产业发展和创新发展战略紧密契合，比如新材料、智慧型工程、生物医药、航空航天、电子通信等，都是科技最前沿的、产业最前沿的。藉助深圳创新产业发展的优势，帮助中大快速提升工科发展的水平，把中大文理医工融合发展的工科短板补齐补强，也将对深圳经济高质量发展和创新引领型发展起到更大的支撑服务作用。中大承诺要在深圳建设三家高水平附属医院，把中大医科的优势和传统带到深圳去，办最好的医学院，培养更多的优秀医学科研和临床人才，让深圳市民享受高水平的医疗服务。截至2018年6月，附属第七医院和第八医院已经正常运营。

中大深圳校区基础医学院计画本科生招生专业中，临床医学（与临床医院联合）每年招200人，生物医学（全程培养管理），每年招30-60人，採取导师制、小班制、实行启发式、讨论式、探索式教学、本硕博培养连贯式培养。研究生招生会增加导师自主权，推行本硕博培养模式。此外，中大深圳校区依託基础医学院在深圳组建附属的医院有：中山大学附属第七医院、中山大学附属第八医院和中山大学附属第九医院。

中大深圳校区基础医学院未来五年目标是引进20余名优秀学者（院士、千人、长江、杰青等），打造出高水平人才队伍，建成感染与免疫、组学与系统医学、肿瘤生物学、神经科学、代谢性疾病、干细胞与再生医学等等科平台。

深圳校区的办学规模2万人。在全面启动校园建设之前，深圳校区的学院建设和招生培养工作就已经开始了，已经建设了8个学院，主要是医科和新兴工科，招收约2500名学生在广州校区培养，引进各类高端人才超过210人。

早在2016年6月，深圳校区招收近200名临床医学专业学生，2017年医科和工科10个专业面向全国招生，招收了约1450名本科生、近500名研究生。2018年，深圳校区10个专业拟面向全国招收1500名本科生，录取近300名硕士生，同时招录博士。

截至2018年6月，中大已经为深圳校区各学院投入大量学科建设经费，主要做的就是平台建设，用于满足学科发展、人才培养的基本需要。同时，在深圳建设重大科技创新平台，提升学校的科技创新能力，提升深圳城市的科技影响力。其中，空间引力波探测“天琴计画”的地面模拟装置，将会布局在深圳校区校园内。计画在深圳校区布局建设空天技术研究院，围绕高超声速飞行器研究开展深度合作。

围绕创新型国家建设、粤港澳大湾区建设、广深科技走廊建设，中大计画在深圳校区布局建设3至4个重大科技创新平台，面向学术最前沿、国家战略需求和区域经济社会发展需要，建设成为同领域国际上最高水平的平台。

深圳校区将保留原中山大学的标誌性建筑，内含多个人文景观，以中山大学牌楼、主校门、孙中山先生雕像、图书馆为标誌性建筑物连成的中轴线，与中山大学广州校区和石牌旧校区遥相呼应。

中山大学深圳校区选址

深圳校区一期校园建设129万平方米，2020年交付50万平方米，2021年6月全部交付。深圳校区的办学定位就是把医科和新兴工科作为重点发展学科，把医工融合作为今后这个校区的核心办学特色。

中山大学深圳校区选址位于深圳市光明新区公常路以北，用地面积321.15公顷，一期建设选址範围约150.82公顷用地安排，校园规划总建筑面积约220万平方米，分两期建设。校园一期建设的範围为新陂头河（含新陂头河景观建设）以南、公常路以北的猪公山及周边区域，主要规划建设满足“医、工、理、文”四大学科群办学基本条件的基础设施。

深圳市政府五年投入约300亿元，用于中大深圳校区的基础设施建设、配套设施建设和教学科研设备投入。一期100万平方米的校园基本建设，2017年6月全面动工；一期30万平方米（总计70万平方米）的人才保障性住房，配套建设18个班的附属幼稚园，占地105亩的附属中国小，同步开始建设。